蛋白同源建模及分子對(duì)接

1、蛋白同源建模及分子對(duì)接以CueO蛋白為例基本策略 建立模型：Swiss-model、 Modeller 模型檢測：Save 模型優(yōu)化：Chiron 再次檢測：Save 分子對(duì)接：Autodock序列與模板相似度，30%模板可用GMQE（Global Model Quality Estimation）是一種基于目標(biāo)模板對(duì)準(zhǔn)結(jié)合性質(zhì)的質(zhì)量估計(jì)，數(shù)值在0-1之間，越接近于1表示模型越接近實(shí)驗(yàn)結(jié)果。Swiss-model同源建模QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis)QMEAN對(duì)模型的質(zhì)量估計(jì)是基于蛋白模型的局部和全局計(jì)分，包括四個(gè)結(jié)構(gòu)描述符：All atom：

2、成對(duì)原子距離依賴性電位C-： C-相互作用勢能Solvation：殘基包埋情況Torsion：扭轉(zhuǎn)角分布蛋白模型 局部(每個(gè)氨基酸)Z-scoreZ-score在pdb數(shù)據(jù)庫中所有蛋白中的分布Modeller軟件 Modeller是一種用Python語言編寫的，可用于本地建立分子模型的軟件。然而，很多人并不熟悉Python語言，因此有人編寫了一個(gè)Moldoller的GUI界面的軟件Easymodeller， Easymodeller科用于簡單的單模板建模。目前Modeller最新版本為9.16 Easymodeller 最新版本為4.0。 與在線建模軟件相比， Modeller還可進(jìn)行模型的修

3、飾、多模版建模等操作。Easymodeller建模確定模板NCBI blast，blastp選擇pdb數(shù)據(jù)庫，identity30%模板可用。也可用Swiss-model來尋找合適模板。Easymodeller界面粘貼序列添加模板，3-10個(gè)建立模型以4e9q.A為模板，建立了CueO的蛋白模型，左圖為不含有銅輔基的模型，右圖為含有4個(gè)銅輔基的模型。銅離子蛋白模型的檢測與評(píng)價(jià)以Swiss-model構(gòu)建的CueO模型為例Swiss-model構(gòu)建的CueO的蛋白模型SAVE網(wǎng)站評(píng)估蛋白模型Procheck紅色：核心區(qū)域黃色：允許區(qū)淺黃色：大致允許區(qū)空白：禁阻區(qū)ERRATverify3dProv

4、e結(jié)果總結(jié)一根據(jù)SAVES的檢測結(jié)果，需要局部優(yōu)化的部位如下： Procheck：位于 gener區(qū)域的殘基。 ERRAT：錯(cuò)誤建模區(qū)域（置信度高于99%），殘基集中于140160，300320,400420之間。 Verify3d：得分90%ERRAT Overall quality factor83.570 60.042 接近91%Verify3d Averaged 3D-1D score0.287.45% 89.5% 80%Prove Z-score average1.392.11-0.10 0.10Z-score RMS31.8338.131.0Autodock 4.0分子對(duì)接 受體：以Swiss-model構(gòu)建的CueO模型為例，未經(jīng)優(yōu)化。 配體：文獻(xiàn)中所給出的CueO的底物之一二乙醇胺（Diethanolamine）準(zhǔn)備受體和配體CueODiethanolamineGrid box參數(shù)設(shè)置分子對(duì)接結(jié)果展示待解決的問題 1. 蛋白模型的評(píng)估還需完善。 2.蛋白模型的優(yōu)化：因?yàn)樵诰€網(wǎng)站Chiron的優(yōu)化效果并不好，所以在查閱文獻(xiàn)后，擬用