生物信息學(xué)研究分析軟件

1、生物信息學(xué)軟件配置必須在滿足課題分析需求的前提下，具備更快，更靈活，更系統(tǒng)性的進(jìn)行大規(guī)模數(shù)據(jù)的處理和管理能力。同時(shí)最重要的要讓擁有較少計(jì)算學(xué)，生物信息學(xué)背景的生物學(xué)家們更好的使用軟件，查看，分析，管理自己的科研數(shù)據(jù)，世界領(lǐng)先的生物信息分析方案供應(yīng)商CLC Bio的高通量測(cè)序解決方案-CLC基因組平臺(tái)（CLC Genomics Workbench/ Server）比較好的解決了這些分析瓶頸。比較一些主流的生物信息學(xué)分析軟件，它同時(shí)具備如下優(yōu)勢(shì)：1、支持目前所有主流測(cè)序平臺(tái)的數(shù)據(jù)和操作系統(tǒng)包括Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos，Ion To

2、rrent/ Proton以及 Solid。無論是從頭測(cè)序，重測(cè)序，還是RNA-Seq或者Chip-Seq, 甚至是多平臺(tái)混合數(shù)據(jù)分析，CLC高通量數(shù)據(jù)分析平臺(tái)都能幫你快速完成高質(zhì)量的專業(yè)數(shù)據(jù)分析并提供豐富的圖表報(bào)告。在Linux，Windows，Macs不同操作系統(tǒng)下都可以流暢運(yùn)行。Sanger2、強(qiáng)大的生物信息學(xué)分析功能和綜合性分析工具CLC高通量數(shù)據(jù)分析平臺(tái)能夠高效的提供Sanger和高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的mapping、從頭組裝、基因組的SNP和DIP檢測(cè)、ChlP-seq分析、RNA-seq分析、小RNA分析等一體化工作流程的解決方案。擁有近100多種執(zhí)行下游分析和設(shè)計(jì)相應(yīng)實(shí)驗(yàn)的工具，集成

3、了的分析工具包括：基因表達(dá)分析、Primer 設(shè)計(jì)、分子克隆、標(biāo)簽表達(dá)譜、BLAST、EST程序庫的構(gòu)建、Alignment、系統(tǒng)樹、先進(jìn)的RNA預(yù)測(cè)和編輯、結(jié)合3D分子分析、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)等。、美觀、友好的可視化操作界面，豐富的圖表結(jié)果針對(duì)生物學(xué)家，設(shè)計(jì)了美觀的可視化界面和簡(jiǎn)易的操作界面，無需運(yùn)行復(fù)雜的生物信息命令腳本，就可直接進(jìn)行分析。方便用戶查看關(guān)于Contig的各類統(tǒng)計(jì)學(xué)圖形報(bào)告和分析結(jié)果。豐富的圖表結(jié)果可以直接用于科研交流和文章的撰寫4、大大提高了大規(guī)模數(shù)據(jù)序列拼裝的質(zhì)量和分析速度最新的SIMD加速拼裝算法，大大提高了大規(guī)模數(shù)據(jù)序列拼裝的質(zhì)量和速度：439,000 reads

4、的E.Coli基因組重測(cè)序拼裝只需要不到3分鐘（2GB內(nèi)存 雙核，2.13 GHz，32位PC機(jī)）。8600萬 paired end reads的人基因組重測(cè)序只需要不到7個(gè)小時(shí)（32GB內(nèi)存 8核，2.5 GHz，64位PC機(jī)）。自建適合自己個(gè)性化分析流程的workflow，隨用隨調(diào)。5、提供服務(wù)器Server和云計(jì)算解決方案服務(wù)器計(jì)算資源的分布-擁有靈活隊(duì)列系統(tǒng)的中樞執(zhí)行平臺(tái)，合理分配計(jì)算資源和服務(wù)設(shè)計(jì)；服務(wù)器共享數(shù)據(jù)管理-保存數(shù)據(jù)在中樞存儲(chǔ)器上。可以是文件系統(tǒng)、CLC生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫或用戶定制設(shè)計(jì)的數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)。云平臺(tái)的運(yùn)算解決方案基于Genomics Server的云計(jì)算解決方案。6、保

5、證數(shù)據(jù)安全性，同時(shí)具備可定制化和可擴(kuò)展性數(shù)據(jù)安全性-基于三層架構(gòu)的系統(tǒng)，設(shè)置管理權(quán)限和數(shù)據(jù)加密，確保數(shù)據(jù)的安全?？啥ㄖ苹?在確保數(shù)據(jù)安全的同時(shí)，易于操作，兼容與其它分析工具或資源的整合，例如Soap，Velvet。根據(jù)個(gè)體科研研究的差異性，應(yīng)用我們的SDK（軟件開發(fā)工具包）或各種命令行工具可實(shí)現(xiàn)客戶端和服務(wù)器端的高度定制化，滿足個(gè)性化的深度分析需求；可擴(kuò)展性-隨著需求的改變，可以實(shí)現(xiàn)CLC服務(wù)器節(jié)點(diǎn)支持下的高度可擴(kuò)展性。即在現(xiàn)有軟件架構(gòu)上，通過提高計(jì)算節(jié)點(diǎn)，增加客戶端等方式可輕松實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析能力和服務(wù)群體的性能提升和擴(kuò)容。7、完善的產(chǎn)品售后支持和培訓(xùn)丹麥CLC Bio作為世界領(lǐng)先的生物信息方案

6、供應(yīng)商，產(chǎn)品使用出現(xiàn)任何問題用戶可實(shí)時(shí)提交運(yùn)行錯(cuò)誤代碼給CLC Bio售后，在正常工作日，即可及時(shí)得到CLC Bio公司產(chǎn)品工程師的快速回復(fù)和解決方案建議。同時(shí)CLC中國(guó)區(qū)總代理-北京路思達(dá)生物信息科技有限公司在產(chǎn)品售出后，免費(fèi)提供1年時(shí)間的產(chǎn)品技術(shù)培訓(xùn)和售后支持服務(wù)。更多內(nèi)容請(qǐng)參看公司官網(wǎng)：丹麥CLC Bio公司-CLC Bio為世界領(lǐng)先的生物信息方案供應(yīng)商。CLC Bio的高通量測(cè)序解決方案-CLC基因組平臺(tái)（CLC GenomicsWorkbench/Server），可同時(shí)支持多種測(cè)序平臺(tái)的數(shù)據(jù)結(jié)果，包括Sanger，Roche 454，Illumina Genome Analyzer，Helicos，Solid，Ion Torrent以及Pacific bioscience的PacBio RS等所有主要測(cè)序平臺(tái)的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀遺傳學(xué)數(shù)據(jù)。讓生物學(xué)家通過一個(gè)美觀可視化，簡(jiǎn)易操作界面，能快速準(zhǔn)確的得出豐富的生物學(xué)圖表報(bào)告；目前全球已有超過2000多家實(shí)驗(yàn)室，科研院所，農(nóng)業(yè)制藥等研發(fā)公司在使用CLC Bio提供的產(chǎn)品及服務(wù)。更多內(nèi)容請(qǐng)參看CLC Bio公司官網(wǎng)：Global