出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告

1、The world leader in serving science出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告，用OKR很OK！OKR 誕Th前景OKR 秘制性能OKR 報(bào)告概覽出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告，用OKR很OK！For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.2OKR 誕Th前景OKR 秘制性能OKR 報(bào)告概覽出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告，用OKR很OK！For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.3今日挑戰(zhàn)越來越多的腫瘤生物標(biāo)志物需要進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)掘其潛在的臨

2、床應(yīng)用價(jià)值全球信息多，但是數(shù)據(jù)信息雜亂且不規(guī)范通過新一代測序（NGS）的變種需要快速篩選出準(zhǔn)確的相關(guān)信息腫瘤研究中的分子標(biāo)記目前的方法很費(fèi)時(shí)費(fèi)力，需要從多個(gè)來源進(jìn)行廣泛的研究， 以便將相關(guān)信息映射到變體。For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.4Ion Torrent Oncomine研究分析流程N(yùn)GS測序腫瘤樣本文庫制備從FFPE樣本中提取DNA和RNA包括小樣品，如細(xì)針抽吸簡單靈活的測序方案使測序變得更加簡單準(zhǔn)確簡單快速的文庫制備低至10 ng的輸入量Ion AmpliSeq technologyFormali

3、n-fixed, paraffin-embedded (FFPE)Ion GeneStudio S5 and Ion PGM Systems測序數(shù)據(jù)分析Ion Reporter Software and Ion Torrent Oncomine Knowledgebase Reporter定義突變挖掘變異，創(chuàng)建自定義報(bào)告For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.5Ion Torrent Oncomine數(shù)據(jù)分析流程Streamlines sequencing runs and creates BAM files開始目

4、標(biāo)測序分析Links variants to relevant, published evidence快速生成自定義報(bào)告Calls variants; identifies and annotates cancer drivers識(shí)別可能的驅(qū)動(dòng)變異Torrent Suite SoftwareOncomine Knowledgebase ReporterIon Reporter Software with Oncomine plug-inTh成自定義報(bào)告序列分析注釋和過濾For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.6自動(dòng)

5、化的數(shù)據(jù)分析服務(wù)器Ion Reporter 服務(wù)器友好可視化界面助力數(shù)據(jù)注釋內(nèi)置主流的生物信息分析軟件,可通過界面分析數(shù)據(jù)或后臺(tái)linux界面分析數(shù)據(jù)自動(dòng)化分析ampliseq靶向測序數(shù)據(jù)，對(duì)變異信息進(jìn)行常見數(shù)據(jù)庫注釋(GO,MAF,OMIM等)進(jìn)行cnv及fusion分析支持客戶自定義數(shù)據(jù)庫For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.7自動(dòng)化的數(shù)據(jù)分析服務(wù)器Ion Reporter 服務(wù)器IonReporter內(nèi)置豐富的Th物學(xué)知識(shí)庫幫助注釋和過濾數(shù)據(jù)Annotation5000 exomesGene panelPh

6、ylopPAllele coverageGene setPolyPhen-2Allele frequencyGenetic categoryReferenceAmino acid changeGenotypeReference / variant coverageGenetic categoryGene OntologySIFTClinVarGrantham scoreSizeCodingHotspot informationTranscript setCopy numberIngenuityTypeCOSMICLocationVariant effectCoverageLocusVarian

7、t KBCustomMAFCytogenetic bandMother genotypedbSNPNamed VariantsDrugBankOMIMFather genotypep-valueGene modelsPfamFor Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.8Oncomine Knowledgebase Reporter問：什么是OKR？答：可以拯救您的靶向治療研究報(bào)告的新星產(chǎn)品！將驅(qū)動(dòng)遺傳突變與已公布的治療方案和臨床試驗(yàn)信息相結(jié)合。For Research Use Only. Not for use in

8、diagnostic procedures.9OKR 誕Th前景OKR 秘制性能OKR 報(bào)告概覽出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告，用OKR很OK！For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.1011Oncomine Knowledgebase Reporter: 最全面的癌癥基因組注釋數(shù)據(jù)庫熱點(diǎn)突變10,000 exomes + COSMIC database Hotspot enrichment analysis插入/缺失突變10,000 exomes, COSMIC database Indel + nonsense en

9、richment analysis拷貝數(shù)變異 30,000 array-based genomes Minimal common region analysis基因融合 8,000 transcriptomes + COSMIC Proprietary fusion analysisTHE ONCOMINE KNOWLEDGEBASEThe Oncomine Knowledgebase是世界上最大的整合癌癥基因組數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)來源于公共數(shù)據(jù)庫資源、同行評(píng)議的文獻(xiàn)和發(fā)表的臨床試驗(yàn)。Oncomine Knowledgebase Reporter: 強(qiáng)大全面的臨床證據(jù)庫For Research Use

10、 Only. Not for use in diagnostic procedures.12注釋數(shù)據(jù)類型：基因突變、擴(kuò)增、缺失和融合只有與其治療相關(guān)的生物標(biāo)記*單克隆抗體*小分子抑制劑，包括HDAC和蛋白酶抑制劑*激素療法和免疫療法* 化療療法只有在結(jié)合上述任何一種治療方法的情況下才行。批準(zhǔn)的治療方案Approved therapies美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）美國（USA）歐洲藥品管理局（EMA）歐洲（Europe）臨床指南Clinical Guidelines美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）美國（USA）歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會(huì)（ESMO）歐洲（Europe）全球臨床測試Clinical T

11、rialsCiteline Trail Trove非洲 亞洲澳大利亞歐洲北美南美西亞/中東Oncomine Knowledgebase Reporter: 全球臨床試驗(yàn)廣泛覆蓋65個(gè)國家和地區(qū)阿根廷香港大韓民國澳大利亞匈牙利羅馬尼亞奧地利印度俄羅斯聯(lián)邦比利時(shí)印度尼西亞沙特阿拉伯波黑愛爾蘭塞爾維亞巴西以色列新加坡保加利亞意大利斯洛伐克加拿大日本斯洛文尼亞智利拉脫維亞南非中國黎巴嫩西班牙哥倫比亞立陶宛瑞典克羅地亞馬來西亞瑞士塞浦路斯墨西哥臺(tái)灣捷克共和國摩洛哥泰國丹麥荷蘭突尼斯埃及新西蘭土耳其愛沙尼亞挪威烏克蘭芬蘭秘魯阿拉伯聯(lián)合酋長國法國菲律賓大不列顛聯(lián)合王國佐治亞州波蘭美國德國葡萄牙越南希臘波多黎

12、各For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.13Oncomine Knowledgebase Reporter：針對(duì)23種實(shí)體腫瘤和13種血液腫瘤For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.14癌癥類型包含的亞型實(shí)體腫瘤膀胱癌包括移行細(xì)胞或膀胱移行細(xì)胞癌。癌， 鱗狀細(xì)胞癌，小細(xì)胞癌與腺癌乳腺癌宮頸癌結(jié)直腸癌包括結(jié)腸癌、直腸癌和肛門癌子宮內(nèi)膜癌食管癌包括胃食管連接部、鱗狀細(xì)胞癌和腺癌胃癌包括胃食管連接處和胃腺癌胃腸道間質(zhì)瘤膠質(zhì)母細(xì)胞瘤頭頸癌腎癌

13、包括腎細(xì)胞癌和移行細(xì)胞癌肝癌黑色素瘤間皮瘤非小細(xì)胞肺癌骨肉瘤卵巢癌胰腺癌前列腺癌皮膚基底細(xì)胞癌小細(xì)胞肺癌軟組織肉瘤睪丸癌癌癥類型包含亞型血液腫瘤急性髓性白血病急性早幼粒細(xì)胞白血病慢性粒細(xì)胞白血病加速期慢性粒細(xì)胞白血病厭倦期慢性粒細(xì)胞性白血病慢性期慢性粒細(xì)胞白血病慢性粒單核細(xì)胞白血病幼年型粒單核細(xì)胞白血病骨髓增生異常綜合征骨髓增殖性腫瘤原發(fā)性血小板增多癥真性紅細(xì)胞增多（癥）原發(fā)性骨髓纖維化Oncomine Knowledgebase Reporter：將腫瘤突變和臨床藥物信息連接起來For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedur

14、es.15證據(jù)腫瘤類型腫瘤突變用藥指導(dǎo)FDA Approved Labels乳腺癌ERBB2 amplificationPertuzumab（帕妥珠單抗）, trastuzumab（曲妥珠單抗）結(jié)直腸癌KRAS mutationCetuximab(西妥昔單抗), panitumumab contraindicated (帕尼單抗)胃癌ERBB2 amplificationtrastuzumab（曲妥珠單抗）黑色素瘤BRAF mutationDabrafenib(達(dá)拉非尼), trametinib(曲美替尼), vemurafenib(維莫非尼)非小細(xì)胞肺癌ALK fusioncrizotini

15、b(克唑替尼), alectinib(艾樂替尼)，brigatinib(布格替尼)非小細(xì)胞肺癌EGFR mutationAfatinib(阿法替尼), erlotinib(厄洛替尼)，gefitinib(吉非替尼), osimertinib(奧希替尼)NCCN Guidelines胃腸道間質(zhì)瘤PDGFRA mutationDasatinib(達(dá)沙替尼)結(jié)直腸癌NRAS mutationcetuximab(西妥昔單抗), panitumumab contraindicated (帕尼單抗)非小細(xì)胞肺癌BRAF mutationdabrafenib(達(dá)拉非尼), vemurafenib(維莫非尼)

16、非小細(xì)胞肺癌ERBB2 mutationafatinib(阿法替尼)非小細(xì)胞肺癌MET amplificationCrizotinib(克唑替尼）非小細(xì)胞肺癌RET fusionCabozantinib(卡博替尼)非小細(xì)胞肺癌ROS1 fusioncrizotinib(克唑替尼）Oncomine Knowledgebase Reporter: 臨床信息不斷更新Oncomine Knowledgebase Reporter v3.1（更新日期：2017/12/11）Oncomine Knowledgebase Reporter v3.0（更新日期：2017/09/20）For Research

17、Use Only. Not for use in diagnostic procedures.16Oncomine Knowledgebase Reporter: 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化信息流程概覽Robust, curated, and verified knowledgebase癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)的高效、準(zhǔn)確和徹底分析基因變異+自定義實(shí)驗(yàn)室生成報(bào)告突變擴(kuò)增和缺失 融合驅(qū)動(dòng)基因4標(biāo)簽和指南的來源65參加試驗(yàn)的國家和地區(qū)15個(gè)基基因因28指南53標(biāo)簽1,073全球臨床試驗(yàn)10種語言Data behind Oncomine Knowledgebase Reporter*Oncomine Knowledgebase

18、ReporterDecember 201748個(gè)基因147個(gè)基因For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.17Ion Reporter workflow*VCF 文件生成實(shí)驗(yàn)室報(bào)告*研究實(shí)驗(yàn)室Oncomine Knowledgebase Reporter*US-FDA 治療藥物信息US-NCCN 臨床指南EMA l治療藥物信息ESMO 臨床指南全球臨床試驗(yàn)遺傳變異關(guān)聯(lián)相關(guān)的信息發(fā)布的治療方案 和全球臨床試驗(yàn)Previously approved under ID 24306No changeOncomine Know

19、ledgebase Reporter：數(shù)據(jù)庫本地化，信息不易外泄For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.18Oncomine Knowledgebase Reporter：操作流程上傳文件vcf 格式文件或其zip壓縮包僅支持oncomine 品牌試劑盒過濾您的報(bào)告并檢查內(nèi)容過濾生成自定義報(bào)告生成報(bào)告For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.19Oncomine Knowledgebase Reporter：支持給出靶向治療建議Oncom

20、ine Knowledgebase Reporter不同類型腫瘤樣本全覆蓋!Oncomine Focus AssayOncomine Comprehensive AssayOncomine Solid TumorAssayOncomine Pan-CancerCell-Free AssayOncomine cfDNA Assays for Lung, Breast, ColonOncomine Tumor Mutation Load AssayIon AmpliSeq Immune Repertoire Assay Plus,TCR Oncomine Immune Response Resea

21、rch AssayOncomine Lung cfTNA Research AssayOncomine Breast cfDNAResearch Assay v2FFPE-basedHeme-oncologyLiquid biopsyImmuno-oncologySolutions+Solutions+Solutions+solutions（組織檢測）（血液腫瘤）（液體活檢）(免疫治療相關(guān))Oncomine Myeloid Research AssayNEW!NEW!NEW!Oncomine BRCA Research AssayFor Research Use Only. Not for u

22、se in diagnostic procedures.20Oncomine Knowledgebase Reporter：三大優(yōu)點(diǎn)快耗時(shí)短：3分鐘內(nèi)可生成一份報(bào)告上手快：易學(xué)，易于使用的 圖形用戶界面易用，僅3步 操作（上傳、過濾、生成報(bào) 告），即使實(shí)驗(yàn)工作者和醫(yī) 生，都能迅速分析數(shù)據(jù)狠嚴(yán)格細(xì)致的數(shù)據(jù)管理：兩個(gè) 獨(dú)立的資深評(píng)審專家共同審 查整合四大數(shù)據(jù)庫信息直面解決客戶生信短板問題： 成熟的分析流程幫助客戶大 力節(jié)省生信成本實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)絕對(duì)保密：本地服 務(wù)器操作，無需擔(dān)心實(shí)驗(yàn)數(shù) 據(jù)外泄問題準(zhǔn)使用的全球信息：將你的樣 本分別與認(rèn)證藥品、臨床指 南和全球臨床試驗(yàn)相匹配， 報(bào)告內(nèi)容豐富，可信度高季度更

23、新：放心享用最新靶 向治療臨床信息標(biāo)準(zhǔn)化工作流程：為實(shí)驗(yàn)室 或研究環(huán)境中每個(gè)操作員的 一致輸出創(chuàng)建標(biāo)準(zhǔn)化工作流 和模板For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.21OKR 誕Th前景OKR 秘制性能OKR 報(bào)告概覽出具腫瘤靶向治療研究報(bào)告，用OKR很OK！For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.22Oncomine Knowledgebase Reporter：用藥指導(dǎo)報(bào)告報(bào)告內(nèi)容包括：變異及治療方案概要，相關(guān)治療方案匯總, 每種藥物具體

24、信息, 全球臨床試驗(yàn)信息。For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.23報(bào)告：樣本癌癥類型+突變匯總+變異詳細(xì)信息實(shí)體腫瘤報(bào)告的頁眉和頁腳：可自定義公司名稱、公司圖標(biāo)和聯(lián)系方式等。樣本癌癥類型索引&報(bào)告重點(diǎn)：索引：目錄報(bào)告重點(diǎn)：驅(qū)動(dòng)性突變、可用療法和臨床試驗(yàn)的數(shù)目實(shí)體腫瘤突變匯總：報(bào)告中會(huì)顯示所有基因變異的相關(guān)信息、癌癥類型信息的來源以及全球臨床試驗(yàn)狀況。變異詳細(xì)信息：基因名、氨基酸改變、編碼、變異ID、基因座（突變 位置）、等位基因頻率、轉(zhuǎn)錄、變異影響等。For Research Use Only. Not for

25、 use in diagnostic procedures.24報(bào)告：樣本癌癥類型+突變匯總+變異詳細(xì)信息血液腫瘤血液病突變匯總：報(bào)告中會(huì)顯示所有基因變異在該癌癥類型和其他癌癥類型中的靶向治療方案以及臨床試驗(yàn)的數(shù)目；靶向治療方案的適用和禁忌癥會(huì)通過顏色進(jìn)行區(qū)分；髓系癌癥類型有額外的標(biāo)記類型 ：治療、風(fēng)險(xiǎn)分層和癌癥分 類。For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.25報(bào)告：基因變異相應(yīng)靶向治療方案匯總對(duì)于每一個(gè)基因變異，每個(gè)信息來源公布的治療 方案都提供一個(gè)證據(jù)標(biāo)簽：在當(dāng)前癌癥類型中在其他癌癥類型中在當(dāng)前及其他癌癥類型

26、中 禁忌癥適用及禁忌癥無證據(jù)全球臨床試驗(yàn)也被標(biāo)記，并標(biāo)注出其最新測試的分期For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.26報(bào)告：目前來源的靶向藥物信息對(duì)于每一個(gè)基因變異，每種治療方法都有一個(gè)摘要信息因數(shù)據(jù)來源而異：美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）歐洲藥品管理局（EMA）歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會(huì)（ESMO）全球臨床測試（Clinical Trials）For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.27報(bào)告：目前來自FDA靶向

27、藥物信息美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）癌癥類型標(biāo)簽日期基因變異分類適應(yīng)癥及用法參考文獻(xiàn)For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.28報(bào)告：目前來自NCCN靶向藥物信息美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）癌癥類型基因變異分類NCCN推薦類別人群范圍（治療人群）參考文獻(xiàn)For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.29報(bào)告：目前來自EMA靶向藥物信息歐洲藥品管理局（EMA）癌癥類型標(biāo)簽日期基因變異分類參考文獻(xiàn)For Research Use Only. Not for u