計(jì)算機(jī)集群fluent計(jì)算說明

1、東五樓計(jì)算機(jī)集群應(yīng)用步驟一、 申請(qǐng)賬戶通過提交項(xiàng)目基本情況及所需資源來獲得賬戶和密碼二、 下載客戶端SSH Secure Shell Client，賬號(hào)連接 圖1 客戶端界面1、 edit-settings-connection，設(shè)置默認(rèn)連接用戶信息，見圖2所示：host：01（學(xué)校計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)IP）user：申請(qǐng)的用戶名port：端口號(hào)22設(shè)置好后，以后每次只要點(diǎn)擊就可以通過輸入密碼連接。 圖2 連接設(shè)置2、 連接后界面 圖3 登陸后界面3、 之后就可以輸入命令了。4、 基本常用命令學(xué)習(xí)ls 查看該路徑下的文檔 （注:是LS哦，不要搞成1S）vi +文件名 對(duì)該文件

2、進(jìn)行編輯cd+具體路徑 進(jìn)入該路徑的文件夾下比如：cd /home/liugf/fluentcd空格. 進(jìn)入上級(jí)文件夾cd 進(jìn)入下級(jí)文件夾按鍵盤delete或者backspace 回刪文字* 表示所有東西i 編輯模式（用于更改job文件及oar文件，輸入i才能更改文件內(nèi)容）cp 復(fù)制cp * ./文件名/ 復(fù)制所有東西到上一級(jí)文件夾里rm 刪除Esc（鍵盤按鍵）: wq ：退出編輯并保存（用于用于更改job文件及oar文件）oarsub S ./oar 提交任務(wù)（在計(jì)算文件存放路徑下提交）oarstat 查看任務(wù)oardel job id（具體任務(wù)的ID號(hào)） 刪除任務(wù)，用于計(jì)算過久或者計(jì)算出錯(cuò)

3、時(shí)查看硬盤下還有多少空間 du sh 用戶名三、 將linux版本的fluent上傳到高性能計(jì)算機(jī)中心并安裝（liugf的賬號(hào)已經(jīng)安裝，后來人不用管安裝的事了，要學(xué)的可以學(xué)學(xué)） 1、軟件下載地址：ed2k:/|file|Ansys流體動(dòng)力學(xué)系統(tǒng).Ansys.Fluent.6.3.Linux.x64.zip|156044630|6cb356346568a23b15c0731378afb0f1|/2、上傳，通過點(diǎn)擊進(jìn)入如下界面： 該界面是一種ftp上傳軟件，可通過鼠標(biāo)拖拽，把個(gè)人機(jī)的文件上傳到計(jì)算結(jié)點(diǎn)給用戶分配的存儲(chǔ)空間上。左為個(gè)人電腦，右為計(jì)算結(jié)點(diǎn)。 圖4 上傳文件界面5、 安裝fluent（1

4、）建立安裝目錄/home/liugf/fluent，把安裝文件放在該目錄下，liugf為賬戶名，可根據(jù)需要更改。（注：盤符下的文件夾不能有中文名）（2）本例子中解壓縮過程有兩種文件，一種是zip文件，一種是tar文件， 解壓zip文件：unzip 解壓文件名（大小寫保持一致） 解壓tar文件：tar xvf 解壓文件名 -x：提取文件；-v：處理過程中輸出相關(guān)信息；-f：對(duì)普通文件操作。注:不同類型的壓縮文件解壓縮命令不同，可根據(jù)具體情況百度學(xué)習(xí)。（3）對(duì)tar文件解壓縮后出現(xiàn)sh格式的文件，可以直接安裝該文件。 安裝命令：./xxx.sh 注：XXX為文件名四、 運(yùn)行計(jì)算程序1、 運(yùn)行前要知

5、道的東西（1） 一次最多只能提交12個(gè)任務(wù)（2） 每個(gè)任務(wù)不能計(jì)算超過120小時(shí)（3） 16個(gè)cpu是計(jì)算效果最好的，但也要視具體模擬情況而定，要的cpu越多，你的任務(wù)越有可能被排到后面。（4） 有四個(gè)重要文件host、hostib、job、oar（感謝煤燃燒王林同學(xué)的提供_），其中job和oar是根據(jù)你具體的計(jì)算更改的。（5） 每計(jì)算一個(gè)算例，都要把上面四個(gè)文件放在計(jì)算文件所在路徑下。（6） Job文件修改簡(jiǎn)介假設(shè)我的計(jì)算文件在這個(gè)路徑下：/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesl 首先進(jìn)入該路徑cd /home/liugf/users/ji

6、ani/14cap/unsteady/8nodesl 想看的話可以查看下該路徑下有什么東東輸入ls，就可以看到liugfnode01$cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesliugfnode01 8nodes$ ls14cap0.002s.cas 14cap0.002s.dat host hostib job oarl 要編輯job文件，輸入vi job，進(jìn)入job文件，可以看到 圖5 job文件的內(nèi)容l 輸入i，進(jìn)入可以編輯的模式。穩(wěn)態(tài)計(jì)算的job范例：命令解釋/file/read-case-data /home/liugf/user

7、s/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap.cas 讀入case和data文件下一句是文件路徑/grid/reorder/reorder-zones重組網(wǎng)格，有利于計(jì)算（待驗(yàn)證）/file/auto-save/root-name /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap設(shè)置自動(dòng)保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 1000/file/auto-save/data-frequency 1000每算100步保存一個(gè)case和data文件/solve/iterate 150000迭代

8、150000步/file/write-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap 計(jì)算完成，保存文件/exit y結(jié)束fluent運(yùn)算非穩(wěn)態(tài)計(jì)算的job范例：（經(jīng)過俺的多次摸索，總算成功了。）命令解釋/file/read-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap.cas 讀入case和data文件下一句是文件的路徑/grid/reorder/reorder-zones重組網(wǎng)格，有利于計(jì)算（待驗(yàn)證）/file/auto-save/root-

9、name /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap設(shè)置自動(dòng)保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 200/file/auto-save/data-frequency 200每算100步保存一個(gè)case和data文件/solve/set/time-step 0.00003設(shè)置時(shí)間步長/solve/dual-time-iterate 100000 50共計(jì)算100000個(gè)時(shí)間步，每個(gè)時(shí)間步最大迭代數(shù)為50/file/write-case-data /home/liugf/users/jiani/14ca

10、p/unsteady/8nodes/14cap 計(jì)算完成，保存文件/exit y結(jié)束fluent運(yùn)算用鍵盤移動(dòng)光標(biāo)，修改其中的命令，具體命令可學(xué)習(xí)fluent的命令手冊(cè)。l 編輯oar文件，vi oar可以看到下面界面（涂色的可以修改）：#!/bin/sh# set current work directory#OAR -cwd#reserve resource#OAR -l nodes=2/cpu=4, walltime=120:00:00 注：設(shè)置所需的計(jì)算資源及計(jì)算時(shí)間# Job Name#OAR -n 14capsteady （注：自己定一個(gè)區(qū)別與別人的作業(yè)名）# directory#

11、 Output#OAR -O out#OAR -E err# import the environment varialbes#$ -V# Script commandechoecho - Running on host hostnameecho - Start time is dateecho - Directory is pwdecho/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/bin/fluent 3d -g -ssh -cnf=$OAR_NODEFILE -t8 -i job 注：你的fluent的安裝路徑，要選擇二維還是三維求解器，幾核，-g是在后臺(tái)計(jì)算的意思#flu

12、ent 3d -g -pib -mpi=mvapich -cnf=host -t1 -i job > outputechoecho - End time is dateexit注:編輯并保存完oar文件后，還需對(duì)它進(jìn)行一次編譯，讓他變成綠色，oar。編譯命令：chmod 755 oar2、 開始計(jì)算（1） 把要修改的修改了，那四個(gè)文件放在你的計(jì)算文件所在文件夾下。（2） 提交作業(yè)l 輸入命令：oarsub S ./oar 注:S要大寫l 好了，提交成功，那邊會(huì)給你提供一個(gè)作業(yè)ID號(hào) 比如121345，如果有現(xiàn)成的空結(jié)點(diǎn)，就可以直接開始算了，如果沒有，只能排隊(duì)等了，如果排隊(duì)時(shí)間很長，你又想

13、把計(jì)算文件修改一些設(shè)置，可以抓緊時(shí)間把計(jì)算文件換了，重新上傳，文件名不要變就好。l 如果你的計(jì)算出錯(cuò)，可以刪除作業(yè)oardel 121345(作業(yè)id號(hào))l 查看作業(yè)運(yùn)行情況oarstat3、 可能遇到的問題l 如果你的某個(gè)程序變態(tài)了沒法退出，只能用強(qiáng)制關(guān)閉命令：pgrep u 賬戶名 | xargs kill -9l 如果你的出錯(cuò)文件err里面寫了下面的東西，找管理員，讓他幫你弄吧，我也不知道怎么回事，在這個(gè)問題上我折騰了很久。期間還遇上黑客攻擊東五樓的情況。/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent/cortex/lnamd64/cortex.3.7.3 -f

14、 fluent -g -i job (fluent "3d -pethernet -host -r -t8 -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime/166754 -path/home/liugf/fluent/Fluent.Inc -ssh")Starting /home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent/lnamd64/3d_host/fluent.6.3.26 host -cx :58970:42168 "(list (rpsetvar (QUOTE parallel/function) "fluent

15、 3d -node -r6.3.26 -t8 -pethernet -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime/166754 -ssh") (rpsetvar (QUOTE parallel/rhost) "") (rpsetvar (QUOTE parallel/ruser) "") (rpsetvar (QUOTE parallel/nprocs_string) "8") (rpsetvar (QUOTE parallel/auto-spawn?) #t) (rpsetvar (QUOTE paralle

16、l/trace-level) 0) (rpsetvar (QUOTE parallel/remote-shell) 1) (rpsetvar (QUOTE parallel/path) "/home/liugf/fluent/Fluent.Inc") (rpsetvar (QUOTE parallel/hostsfile) "/tmp/oar_runtime/166754") )" Welcome to Fluent Copyright 2006 Fluent Inc. All Rights ReservedLoading "/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent/lib/flprim.dmp.1119-64"Done.Starting /home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent/multiport/mpi/lnamd64/hp/bin/mpirun -TCP -f /tmp