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1、【轉(zhuǎn)】esternlo實(shí)戰(zhàn)指南:從電泳到定量1樣品制備:變性條件直接裂解:用常溫或者高溫預(yù)熱過(guò)(預(yù)熱更有利于阻止蛋白水解或者磷酸酶去磷酸化,但容易遺忘,久煮某些性質(zhì)會(huì)改變)的1(或者略高15直接加到細(xì)胞或者組織上并煮樣。通??装寮?xì)胞0以上密度,需200ul,其他按平板面積比類推。通常條件下,都是過(guò)量的(因此不一定要嚴(yán)格參考稀釋比);如果不夠,樣品核酸、蛋白濃度過(guò)高時(shí),煮樣后會(huì)發(fā)現(xiàn)tip吸不上來(lái),非常粘、一砣一砣的,很容易堵住tip。這時(shí)候常規(guī)做法有兩種,1再煮min常規(guī)煮樣時(shí)間,樣品過(guò)濃時(shí)就煮10min;2如果10min煮樣后,仍然吸不起來(lái),才適當(dāng)增加,繼續(xù)煮;也可以對(duì)樣品進(jìn)行超聲。煮樣時(shí)間若
2、過(guò)長(zhǎng),蛋白會(huì)凝固,此時(shí)以失去繼續(xù)的意義,請(qǐng)丟棄(判斷標(biāo)準(zhǔn):出現(xiàn)明顯的蛋白沉淀和水分層)此方法的缺點(diǎn),煮過(guò)的樣品如果用來(lái)做,需要特殊方法,因此,這種制備方法制備的樣品有使用局限。非變性裂解法(不討論諸如核抽提、亞細(xì)胞器分離等等了,其實(shí)類似)裂解細(xì)胞請(qǐng)盡量冰上操作,減緩酶解作用。俺前bossnature文章上的裂解液配方是:20mris/l,p,100mal,20ml,1mgl2,040andproteaseinhibitors(20pg/mlleupeptin,10pg/mlpepstatinAand10pg/mlaprotinin(此裂解液可用于抽提核蛋白),其中蛋白酶抑制劑很復(fù)雜也很貴,其實(shí)
3、用替代這三種就好了;如果還要做磷酸化蛋白,加(現(xiàn)加現(xiàn)用),a此方法的優(yōu)點(diǎn):濃度略低于生理狀態(tài),保證裂解細(xì)胞的方式較為溫和,便于隨后的等試驗(yàn)。其他鹽濃度的細(xì)胞裂解液也很常見(jiàn),諸如(生理鹽濃度)、(高鹽系列,裂解細(xì)胞時(shí)染色體會(huì)析出,細(xì)胞碎片和沉淀非常粘稠)及-及以下適合試驗(yàn),及以上適合純化蛋白,尤其相互作用較強(qiáng)的復(fù)合體,要得到純化的一些復(fù)合體的組成蛋白一般采用極端的高鹽裂解細(xì)胞。用于核蛋白的裂解的原因是,用于破壞核膜結(jié)構(gòu);可用到但此時(shí)染色體會(huì)析出,沉淀粘稠。組織塊裂解:組織塊較大用勻漿的方法最合適,現(xiàn)在有不少轉(zhuǎn)頭很小的勻漿器。當(dāng)組織超微量的時(shí)候,比如新鮮癌組織,我采用的方法是低溫(剪)攪碎,成肉糜
4、狀。錫箔紙包裹好,放入少量液氮,快速敲擊(控制力量,盡量避免弄破錫箔紙),進(jìn)一步破碎;反復(fù)多次。用上述細(xì)胞裂解液回收。分泌型蛋白富集:用無(wú)血清培養(yǎng)基培養(yǎng)細(xì)胞,收集上清液用于檢測(cè);如果含量過(guò)低,需要用沉淀富集。理論上,從普通培養(yǎng)基中收集分泌蛋白,此時(shí)對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)條件的影響最小,是最佳的實(shí)驗(yàn)條件;但是這存在隱憂。因?yàn)楹宓呐囵B(yǎng)基中含有非常豐富的(牛血清白蛋白)之類的蛋白質(zhì),除非你進(jìn)一步分離純化,否則直接用這種樣品去會(huì)有非常大的麻煩,尤其當(dāng)你的蛋白在之間的時(shí)候;用“任何”抗體去檢測(cè)這一區(qū)間的蛋白,會(huì)有一片非常強(qiáng)的信號(hào)。因?yàn)榇藚^(qū)間蛋白(主要是)濃度過(guò)于富集,會(huì)非特異性粘附“任意”抗體,從而最終被識(shí)別。
5、同理,采用裂解細(xì)胞制備樣品前,通常要用洗滌,其目的之一是去除培養(yǎng)基中的。采用無(wú)血清培養(yǎng)基收集細(xì)胞上清除了改變細(xì)胞的生理狀態(tài)外(可能激活未知信號(hào)途徑,諸如等),還會(huì)出現(xiàn)的問(wèn)題是:即使采用了無(wú)血清收集上清,仍然有大量雜蛋白,但相對(duì)好很多。選用了上清,由于蛋白濃度太稀,通常要采用沉淀富集,再重新溶解。沉淀對(duì)半定量操作要求非常高,因?yàn)楹苋菀壮恋聿怀浞只蛘唠x心操作丟失,尤其在離心過(guò)程,離心管的擺放非常講究,要度翻轉(zhuǎn)離心兩次。b。重新溶解時(shí),由于蛋白需要在一定的鹽離子條件下才能重新溶解,你要摸索充分溶解的條件,相對(duì)麻煩。實(shí)際上,如果你不是非常強(qiáng)調(diào)蛋白的分泌有什么生理功能,一般不建議檢測(cè)上清,尤其半定量的實(shí)
6、驗(yàn)檢測(cè)不同樣品間的差異。這里面有實(shí)驗(yàn)操作細(xì)節(jié)的麻煩經(jīng)驗(yàn)之談,我曾經(jīng)參與的文章所研究的蛋白就是分泌型蛋白,但的數(shù)據(jù)是;偶爾用到上清,也只是作為富集純化該蛋白的原料,為進(jìn)一步分析做準(zhǔn)備。樣品制備完,應(yīng)立即低溫保存(度短期(幾天);度長(zhǎng)期;例外,用樣品應(yīng)直接進(jìn)行,避免凍融破壞蛋白質(zhì)間弱的相互作用)。煮沸過(guò)的樣品凍融會(huì)存在另一個(gè)問(wèn)題,沉淀;度就會(huì)沉淀,何況度。上樣前應(yīng)加熱充分溶解,否則從加樣口向下拖帶(不夠,樣品未充分溶解也會(huì)出現(xiàn)類似拖尾;上樣過(guò)大也會(huì))。在樣品制備過(guò)程中,另一個(gè)需要注意的問(wèn)題是,從樣品制備的起始階段就要注意定量問(wèn)題;本身系統(tǒng)誤差有,太細(xì)微的差別經(jīng)常忽略不計(jì)。細(xì)胞樣品可以先計(jì)數(shù)再接種,
7、短時(shí)間內(nèi)即使細(xì)胞生長(zhǎng)有差異也不會(huì)對(duì)結(jié)果影響太多。組織樣品,從腫瘤組織的大?。ǚQ重)開(kāi)始,裂解液的體積都是精確定量的,操作過(guò)程也盡量避免蛋白損失。有人會(huì)說(shuō)可以電泳前蛋白定量,我將下一節(jié)討論蛋白定量的不科學(xué)性,以及裂解液成分對(duì)定量的干擾。蛋白電泳:電泳膠的制備、配方、緩沖液配方,請(qǐng)參考分子克隆。經(jīng)驗(yàn)之談,8%膠最底邊約,最底邊約,最底部約。膠可以跑之間的任意蛋白,轉(zhuǎn)膜效率對(duì)結(jié)果的的影響都問(wèn)題不大。,左右,轉(zhuǎn)膜效率對(duì)結(jié)果的影響都問(wèn)題不大(蛋白如何,沒(méi)有嘗試過(guò))。電泳一般采用恒流,(應(yīng)根據(jù)電泳儀器適當(dāng)調(diào)整,要注意儀器最高限壓;此條件適合型,膠寬)。采用恒流的優(yōu)點(diǎn),保證最快速度完成電泳(電壓會(huì)逐漸增大)
8、,省時(shí)且減少擴(kuò)散;但是由于電泳速度過(guò)快時(shí)會(huì)發(fā)熱而溶膠,所以你必須想辦法散熱。散熱不好,條帶出現(xiàn)波浪狀。注意事項(xiàng):1聚丙烯酰胺的30母%液會(huì)降解,要4度避光保存。會(huì)失效,一般保質(zhì)期才一個(gè)月左右。度分裝長(zhǎng)期保存。注意的值,以及平時(shí)所用的水的值。值改變會(huì)使帶型非常怪異,所有蛋白和溴酚藍(lán)壓成一條細(xì)線(即便在分離膠中),如果溴酚藍(lán)前有紅色染料,那么此染料彗星式拖尾從溴酚藍(lán)一直延伸到膠底部(溴酚藍(lán)此時(shí)涌動(dòng)極緩慢,位于膠中上部)上下層式電泳裝置若漏液,哪邊漏液,電泳條帶往哪邊傾斜。內(nèi)外式電泳裝置漏液,則裝置處于短路狀態(tài),液體會(huì)過(guò)熱。膠可能局部自溶,條帶扭曲、變形。配膠用玻璃板和邊條應(yīng)及時(shí)洗凈。玻板未洗凈的壞
9、處很多。盡管玻璃看似平滑,但是一些細(xì)微的凹陷處會(huì)凝結(jié)肉眼無(wú)法分辨的膠顆粒(摸上去疙疙瘩瘩),其壞處是,在該部位極易導(dǎo)致不均勻的膠塊,樣品經(jīng)過(guò)該處或電泳散熱不好,條帶變形。如果是的超薄膠,膠板的顆粒會(huì)導(dǎo)致局部巨大氣泡,非常難于清除;蛋白膠也會(huì)導(dǎo)致一些小氣泡的產(chǎn)生。玻板沒(méi)洗凈的另一個(gè)壞處是,由中學(xué)物理知識(shí)可知,玻璃表面越光滑粘附越牢,未洗凈的玻板會(huì)削弱和膠體間的粘附力,拔梳子或邊條時(shí)會(huì)產(chǎn)生微小的錯(cuò)動(dòng),膠體下部出現(xiàn)大量氣泡(夾在玻板和膠之間,這個(gè)關(guān)系不大);嚴(yán)重的錯(cuò)動(dòng)會(huì)使上樣時(shí),樣品從膠和玻璃之間的間隙漏光,或者甚至膠和玻板分開(kāi)。為避免拔梳子時(shí)的錯(cuò)動(dòng),可在電泳緩沖液中拔梳子(比水更好,有潤(rùn)滑)。判斷
10、玻板是否洗干凈,用手摸一下有沒(méi)有疙疙瘩瘩的;最好用洗潔精之類,洗衣組細(xì)胞裂解液樣品,前者通常洗脫體積為,剛好達(dá)到常規(guī)粉、肥皂都不好用。上樣時(shí),不要把深入膠孔過(guò)深(或者采用細(xì)的尖端拉長(zhǎng)的專用上樣槍頭),可能會(huì)錯(cuò)開(kāi)膠和玻板,樣品會(huì)泄露。未加樣的孔應(yīng)添加高濃度平衡,否則最外側(cè)條帶會(huì)拉寬變形。通常樣品(含*,可用平衡。同理,點(diǎn)的也要加入同樣體積的。若在室溫放置太久和新鮮的在比重上會(huì)有差異,在新舊靠近的地方,條帶會(huì)拉寬或擠壓變形。因此,同一塊膠上,煮樣及填空白所用應(yīng)一致。應(yīng)度保存。增加上樣量不一定會(huì)提高熒光信號(hào)強(qiáng)度。增加上樣量的后果通常只能是讓你的內(nèi)參粘連,所有的蛋白條帶都扭曲變形。因?yàn)樵黾由蠘恿孔疃嘀?/p>
11、能提高幾倍,而靈敏度是以的幾次冪量級(jí)的,所有目的蛋白信號(hào)的唯一方案就是富集(可特異提高目的蛋白濃度數(shù)百數(shù)千倍,并去除其它雜蛋白干擾)。增加上樣量的另一個(gè)壞處是,本來(lái)高表達(dá)的蛋白,諸如內(nèi)參,在同樣條件下,可能出現(xiàn)熒光灼燒式粹滅(一晃而滅)或者條帶中空。仍以孔板以上匯合度為例,細(xì)胞裂解液和通常都是投入(最少,這樣面積的培養(yǎng)板如果裂解液投入太少,回收時(shí)的損失就太大,上樣就很難做到一致),而這種濃度條件下制備的樣品,電泳時(shí)上樣量要控制在5-,6最少,最多,時(shí)內(nèi)參基本已經(jīng)開(kāi)始粘連成一條線,帶型出現(xiàn)波浪紋;當(dāng)然并非不可以多上樣,再多對(duì)結(jié)果影響不大(沒(méi)有的仍然沒(méi)有),且條帶都很丑。不同樣品上樣時(shí),可考慮將樣
12、品體積調(diào)成一致或類似。如果一組樣品和一上樣體積;后者第點(diǎn)提到只上,同樣(比重同,不會(huì)互相擠壓),最好補(bǔ)加使總體積一致。通常這樣不同條件獲得的樣品,中間最好用“空白”泳道隔開(kāi)(空白僅指無(wú)蛋白,仍應(yīng)加入),這樣才能確保每條帶都很美觀。膠配好暫時(shí)不用時(shí),需用電泳緩沖液灌滿空間(拔去梳子和底邊邊條后的間隙),用保鮮膜包裹防止液體蒸發(fā),短期室溫或稍長(zhǎng)期4度保存。個(gè)人習(xí)慣為,灌好分離膠用飽和的正丁醇灌滿上層,保鮮膜包裹,次日再灌堆積膠。兩種方案都可以。所以如果預(yù)計(jì)次日工作量較大,可以提前灌好。樣品是否一定需要定量再上樣?不是的,這是浪費(fèi)時(shí)間的一個(gè)操作。我們首先來(lái)討論一下蛋白定量的科學(xué)性。蛋白定量首先需要一
13、個(gè)參照系(標(biāo)準(zhǔn)蛋白),參照蛋白通常選擇,也就是說(shuō)你所謂的定量是對(duì)應(yīng)于的濃度的一個(gè)參照值。這里面存在一個(gè)問(wèn)題,即忽略了蛋白折疊和空間構(gòu)象對(duì)光吸收、折射的影響;不同的蛋白折疊和構(gòu)象還會(huì)影響顏料分子的嵌入。因此你其實(shí)默認(rèn)將所有的蛋白等同于在溶液中的折疊狀態(tài)、光吸收情況下,然后做出的一個(gè)相對(duì)判斷,這就存在一個(gè)“系統(tǒng)誤差”還不算上測(cè)量誤差等等,就已經(jīng)很不準(zhǔn)確了。其次,裂解組織或細(xì)胞的時(shí)候,那些裂解液中,某些溶劑本身會(huì)使或者法(實(shí)際也是染色)顯色,尤其是去污劑之類;例如4就會(huì)使顯藍(lán)色,可以完全覆蓋掉蛋白與作用產(chǎn)生的藍(lán)色。因此,如果你的裂解液里面含有這類物質(zhì),所謂的蛋白定量實(shí)際是顏色和蛋白染色的疊加,根本不
14、會(huì)符合標(biāo)準(zhǔn)蛋白曲線的線性規(guī)律,自然定不準(zhǔn)?!拘枰f(shuō)明:我目前只知道會(huì)這樣,因?yàn)槲覀儚膩?lái)不去定量,沒(méi)有做過(guò)更深入的研究。】實(shí)際上保證你的內(nèi)參一致,是從樣品制備開(kāi)始的,上節(jié)末尾有提到,不贅述。如果你從制備樣品時(shí)就注意過(guò)定量問(wèn)題,實(shí)際上通常內(nèi)參差別不會(huì)太大。如果真的有差別,通常我們會(huì)先跑少量的樣品,目的是讓或更清晰、不會(huì)粘連、不會(huì)過(guò)曝光。從而在第二輪跑正式結(jié)果前,根據(jù)第一輪的內(nèi)參的熒光信號(hào)做微調(diào),大致能做到相當(dāng);最多可能需要第三輪。以上的試驗(yàn)可以精確到0.1差異(我很多體外生化試驗(yàn)之前的調(diào)整酶量就是這樣進(jìn)行,此時(shí)根本不可能有足夠的蛋白讓你去定量)。當(dāng)然憑曝光強(qiáng)弱調(diào)整上樣量的前提是,你的技術(shù)很穩(wěn)定,很
15、可靠,這是需要相當(dāng)多的經(jīng)驗(yàn)積累,如果你一時(shí)掌握不了,可以讓經(jīng)驗(yàn)更豐富的師兄師姐或者導(dǎo)師幫忙。順便提到,有人問(wèn)過(guò)用等定量軟件對(duì)光密度定量后計(jì)算差別從而調(diào)整上樣體積是否可以?不可以。因?yàn)榻Y(jié)果經(jīng)過(guò)多重放大,精確計(jì)量只代表相對(duì)于對(duì)照組的相對(duì)比值,與實(shí)際比值還是有誤差,所以按計(jì)算值更改上樣量仍會(huì)出現(xiàn)偏差。如果非要做定量的話,要注意你的裂解液配方,把每種溶劑都先加入到顯色液中嘗試一下,避免那些本身會(huì)顯色的物質(zhì)出現(xiàn)在你的裂解液中;當(dāng)然,某些物質(zhì)的去除可能影響對(duì)組織蛋白的提取。所以這是一個(gè)兩難的問(wèn)題。轉(zhuǎn)印一轉(zhuǎn)印效率對(duì)結(jié)果的影響并不如書(shū)本和網(wǎng)絡(luò)上宣揚(yáng)的那么大!首先必須澄清的是,很多時(shí)候新手會(huì)把結(jié)果無(wú)信號(hào)歸咎于轉(zhuǎn)
16、膜不夠充分,實(shí)際上轉(zhuǎn)膜效率對(duì)最終結(jié)果的影響所占比重并不高,真正取決定性因素的是抗體識(shí)別能力的強(qiáng)弱,以及如何正確使用抗體,這個(gè)問(wèn)題下節(jié)討論。有一個(gè)簡(jiǎn)單的例證,提供的厚濾紙初次使用時(shí),通常轉(zhuǎn)膜效果不理想(從預(yù)染的ma深淺可知),但對(duì)多數(shù)一般豐度的蛋白的檢測(cè)沒(méi)有任何影響(建議少用這種新濾紙做那種含量特別稀少或者轉(zhuǎn)膜非常困難的蛋白)。沒(méi)有很好的策略可以解決這個(gè)新濾紙的問(wèn)題;嘗試過(guò)浸泡(會(huì)泡爛的)、預(yù)電泳(會(huì)稍微好點(diǎn))等等,效果均不理想。通常,最初一兩次的使用就是用于轉(zhuǎn)一般蛋白。每次用完后清水稍微沖洗一下表面鹽分(要控制水流;水流太大,紙張會(huì)爛掉的),晾干再用;只要沒(méi)沖爛可以一直反復(fù)使用。其次,盡管轉(zhuǎn)膜
17、效率不起決定性作用,但由于的流程相對(duì)較長(zhǎng),所以每個(gè)步驟的疊加作用會(huì)被級(jí)數(shù)放大,因此在試驗(yàn)的每個(gè)步驟我們?nèi)詴?huì)力求更好,因此以下仍會(huì)深入探討如何提高轉(zhuǎn)膜效率。針對(duì)提高轉(zhuǎn)膜的效率,個(gè)人認(rèn)為最先應(yīng)該考慮到的是儀器的選用。這里不是歧視“madeinChina”,國(guó)內(nèi)的廠家很少注重不斷提高自己產(chǎn)品的品質(zhì),走低端策略,對(duì)于電泳儀這種技術(shù)含量不高的儀器倒可以湊合;但說(shuō)到轉(zhuǎn)膜儀,能把一個(gè)簡(jiǎn)單的勻場(chǎng)電極做好的還真不多(就我道聽(tīng)途說(shuō)的,國(guó)外廠家為了使電極之間場(chǎng)強(qiáng)更加均勻,那種大塊金屬板表面是鍍過(guò)極薄的白金層);因此轉(zhuǎn)膜效率和均勻方面孰優(yōu)孰劣不言而喻。目前,個(gè)人使用過(guò)的國(guó)產(chǎn)電轉(zhuǎn)槽(濕轉(zhuǎn))唯an仿i的還可以(算替它們免
18、費(fèi)打個(gè)廣告吧,an仿iadmi型電泳儀,在某些方面(主要是操作)上還優(yōu)于i原裝;目前我認(rèn)為“中國(guó)制造”的靈魂就是仿造并超越前者);半干轉(zhuǎn)儀一律進(jìn)口,用過(guò)i、dneham和英國(guó)公司的Teoa:批評(píng)一下i、adi的c半干轉(zhuǎn)儀,其硬質(zhì)塑料外殼會(huì)莫名其妙的碎裂(絕非摔裂、磕碰,因?yàn)榈酌嬉话惴旁谧郎虾蟪ㄆ谛枰逑慈コ龤埩酐}漬,基本不會(huì)移動(dòng);即便如此它自然就會(huì)碎裂),以致于其核心組件未壞的情況下,因外殼碎裂不得不報(bào)廢該儀器(其外殼里包裹電源線,外殼碎裂,電源則無(wú)法接通,導(dǎo)致儀器報(bào)廢我們先后買過(guò)3臺(tái)都是這樣的毛病,其間間隔了3年,不能肯定近來(lái)有沒(méi)有改進(jìn)這個(gè)問(wèn)題;如果沒(méi)有,我想市場(chǎng)遲早會(huì)被其他公司所取代)對(duì)
19、這三款產(chǎn)品,的外殼有明顯的質(zhì)量缺陷,容易過(guò)早報(bào)廢;獨(dú)特的蜂窩式設(shè)計(jì)確實(shí)對(duì)轉(zhuǎn)膜效率有所提高,但蜂窩式使得與“三明治”的接觸面減少,電轉(zhuǎn)時(shí)散熱不太好,做大蛋白(半干轉(zhuǎn)儀也可以做大蛋白轉(zhuǎn)膜,效率確實(shí)不如濕轉(zhuǎn),但抗體好、蛋白豐度一般時(shí)仍可采用)長(zhǎng)時(shí)程()轉(zhuǎn)膜需要在度冰柜或進(jìn)行;英國(guó)的產(chǎn)品,價(jià)格較高,公司不太出名國(guó)內(nèi)不一定有代理,但質(zhì)量和散熱都非常好。這里談到了半干轉(zhuǎn)和濕轉(zhuǎn)。這兩種轉(zhuǎn)印方法各有優(yōu)劣。濕轉(zhuǎn)適合所有的蛋白,轉(zhuǎn)膜效率最佳,但靡費(fèi)試劑、溶液,對(duì)普通分子量大小的蛋白轉(zhuǎn)染操作時(shí)間長(zhǎng)于半干轉(zhuǎn)(下文會(huì)具體給出條件);半干轉(zhuǎn)適合分子量較小的蛋白,省時(shí)、省試劑。蛋白分子大小如何界定呢?習(xí)慣上認(rèn)為以上為大蛋白
20、,其他均屬于小蛋白,當(dāng)然這只是一個(gè)相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)。因此,通常對(duì)大蛋白的轉(zhuǎn)印多數(shù)人會(huì)選擇長(zhǎng)時(shí)程的濕轉(zhuǎn),那么剛才提到的半干轉(zhuǎn)儀的缺陷實(shí)際上沒(méi)太多實(shí)質(zhì)意義,何況還可以外加條件彌補(bǔ);而且用半干轉(zhuǎn)做大蛋白轉(zhuǎn)印本來(lái)就是高手在懸崖上跳舞此時(shí)轉(zhuǎn)膜效率是否更高已經(jīng)沒(méi)有任何意義我說(shuō)過(guò)轉(zhuǎn)印效率對(duì)結(jié)果不起決定因素。濕轉(zhuǎn)、半干轉(zhuǎn)緩沖液配方請(qǐng)參考分子克隆,有必要指出的是,實(shí)際上用半干轉(zhuǎn)緩沖液進(jìn)行濕轉(zhuǎn)效果也非常理想,通常這種緩沖液可以反復(fù)使用多次(=5次常規(guī)電轉(zhuǎn),如有長(zhǎng)時(shí)程轉(zhuǎn)染,緩沖液使用次數(shù)會(huì)減少),不過(guò)要注意初始電流(同樣溫度下,初始電流高,表明緩沖液中電解質(zhì)剩余不多,為確保轉(zhuǎn)膜溫度,可開(kāi)始或中途更換新鮮轉(zhuǎn)膜液)。電轉(zhuǎn)液中增
21、加蛋白的水溶性,促進(jìn)蛋白在電轉(zhuǎn)液中泳動(dòng)。若不加,蛋白會(huì)沉淀在膠上,但過(guò)多會(huì)影響蛋白與膜的吸附。甲醇能使與蛋白分離,甲醇濃度越高與蛋白分離越快,但高濃度的甲醇對(duì)蛋白會(huì)有固定作用,不利于蛋白從膠里跑出來(lái)。一般來(lái)說(shuō)甲醇的濃度為,但膜截留上交聯(lián)的小分子顏料的能力很差,可考慮提升甲醇的濃度至25(%它對(duì)普通蛋白的轉(zhuǎn)膜影響不太,顏料截留更多);大蛋白轉(zhuǎn)印可考慮降低甲醇濃度,另外必須添加。甲醇的另一個(gè)作用是降溫,舊的電轉(zhuǎn)液由于電解質(zhì)的消耗和甲醇的揮發(fā),電轉(zhuǎn)時(shí)電流或電壓變化更快、溫度升高也更快,因此可考慮增加額外的甲醇;這點(diǎn)對(duì)半干轉(zhuǎn)緩沖液的意義較大,因?yàn)榘敫赊D(zhuǎn)緩沖液消耗很慢,緩沖液放臵的時(shí)間較久,甲醇揮發(fā)比較
22、嚴(yán)重,可臨時(shí)少量補(bǔ)加。濕轉(zhuǎn)一般采用穩(wěn)壓,電壓控制在,時(shí)長(zhǎng)(小蛋白控制在,大蛋白),有人會(huì)選擇過(guò)夜,從實(shí)驗(yàn)的效率來(lái)講太浪費(fèi)時(shí)間,對(duì)轉(zhuǎn)膜到底有多大程度的增益難說(shuō),不太推薦;半干轉(zhuǎn)一般穩(wěn)流,依膜附帶說(shuō)明書(shū),當(dāng),電壓2半干儀額定值不能超過(guò);半干轉(zhuǎn)儀,限壓。通常跑不到這么大的電壓,除非是新的濾紙或很久的轉(zhuǎn)膜液,或常溫放置的轉(zhuǎn)膜液,或超大的膠),時(shí)間一般(常規(guī)用);如果是,時(shí)間不要超過(guò)。這兩款儀器的限壓要求,可能出于保護(hù)儀器的目的;為防止過(guò)載,當(dāng)電壓,附近的時(shí)候,保險(xiǎn)會(huì)自動(dòng)跳掉、切斷電轉(zhuǎn)儀電源。至于的,即使整張大板膠室溫電轉(zhuǎn)以后,最大電壓仍為(因此足見(jiàn)其散熱性能的優(yōu)良)。注明:以上半干轉(zhuǎn)儀時(shí)間的要求是針對(duì)
23、膜的,這里面有一個(gè)很有趣的問(wèn)題。盡管廠家一再表明膜比膜對(duì)蛋白的截留更高(但帶負(fù)電性,理論上它的吸附量應(yīng)該更高,所以通常同樣使用這種低鹽洗液背景比膜高),但膜對(duì)小分子的截留明顯不如膜,因此交聯(lián)在預(yù)染上的顏料小分子很容易穿過(guò)膜,造成轉(zhuǎn)膜過(guò)度的假象(除可考慮提升甲醇濃度至外,也可以考慮增加的上樣量);膜沒(méi)有這種問(wèn)題,所以通常它的轉(zhuǎn)膜時(shí)間也是小蛋白、大蛋白,電流控制在0大膠,如果膠面積小很多可以考慮降低,實(shí)際上相當(dāng)于左右)。膜唯一不如膜的地方,在我看來(lái)是它的強(qiáng)度:干燥的膜易碎。當(dāng)然目前某些廠家為解決這個(gè)問(wèn)題,將成分涂在另一種介質(zhì)的表面,這種膜的支持強(qiáng)度和膜類似,但轉(zhuǎn)膜效率稍差于純膜,且有明顯的正反面;
24、因此制作轉(zhuǎn)印三明治的時(shí)候要特別注意正反面。此外,以下的蛋白宜采用孔徑的轉(zhuǎn)印膜,但也不是一定必須。對(duì)于大蛋白轉(zhuǎn)印,很多書(shū)本建議采用低濃度膠,如。但實(shí)際操作發(fā)現(xiàn),太軟,制作轉(zhuǎn)印三明治的操作非常麻煩;且內(nèi)參如、都在附近,而膠底邊溴酚藍(lán)指示左右,除非采用壇子上有人提過(guò)的灌不同濃度的膠或者梯度膠,否則需要同時(shí)跑兩塊膠,因此也不是很推薦。個(gè)人經(jīng)驗(yàn)認(rèn)為以下膠(底邊)都可以勝任,可以適當(dāng)調(diào)整選擇膠可以兼顧內(nèi)參和大蛋白。轉(zhuǎn)膜最好在低溫進(jìn)行(高溫會(huì)局部溶膠或降低轉(zhuǎn)膜效率),盡管很多半干轉(zhuǎn)儀沒(méi)有具體要求,但用預(yù)冷過(guò)的電轉(zhuǎn)液濕濾紙比未預(yù)冷的轉(zhuǎn)印效率更高。因此,有條件建議濕轉(zhuǎn)、半干轉(zhuǎn)均在低溫(4度)進(jìn)行。此外,濕轉(zhuǎn)緩沖
25、液可以考慮轉(zhuǎn)印前度預(yù)冷,時(shí)間不能長(zhǎng)于,否則電泳液凍結(jié);型有內(nèi)置冰槽的,冰槽置度預(yù)冷。制作轉(zhuǎn)膜三明治的過(guò)程中,書(shū)中強(qiáng)調(diào)過(guò)濾紙、膠、膜的大小最好一致,否則沒(méi)有膠、膜隔開(kāi)部分的濾紙會(huì)因?yàn)橹苯咏佑|而產(chǎn)生局部短路,降低內(nèi)阻增加電(壓)流,造成升溫過(guò)快。但進(jìn)口儀器隨廠原包裝附帶的濾紙有限,如果每次都切割新濾紙,消耗過(guò)快、初次使用的膜轉(zhuǎn)膜效率不高,且增加額外的操作。因此,實(shí)際上濾紙大一些也不太要緊,但是我會(huì)選擇已經(jīng)切割好的和膠面積最接近的濾紙;通常膜的大小會(huì)嚴(yán)格控制在與膠面積一致或略小一點(diǎn)點(diǎn)。操作時(shí)在保證每一層均無(wú)氣泡的前提下,疊好后再碾壓幾個(gè)來(lái)回,力道要均勻、恰好;力量過(guò)大,膠會(huì)被拉伸,條帶會(huì)扭曲、變形。
26、碾壓的目的不是為了驅(qū)趕氣泡(完全可以做到疊加的時(shí)候每一層都無(wú)任何氣泡;諸如采用多層薄濾紙時(shí)可以一張張的疊加),更重要的作用是讓膜和膠貼得更緊密??梢岳斫獾氖?,對(duì)于蛋白分子的大小而言,膠和膜之間的間距是數(shù)十萬(wàn)倍計(jì)的,因此更緊密的接觸無(wú)疑是轉(zhuǎn)膜成敗的關(guān)鍵。膠和膜需不需要泡呢?不少公司實(shí)驗(yàn)講座時(shí)提出泡膠、泡膜,實(shí)際操作中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)泡和不泡的轉(zhuǎn)膜效率有多大差別。實(shí)際上,膠只需要在電轉(zhuǎn)液中浸一下即可(可以減少與濾紙或者膜之間的氣泡);而膜也只要濕掉沾上電轉(zhuǎn)液即可,同樣多沾些緩沖液會(huì)有利于減少氣泡(要先用甲醇濕潤(rùn)再投入緩沖液;直接進(jìn)緩沖液)如何監(jiān)控轉(zhuǎn)膜的效率呢?在早期,鄙人亦依據(jù)分子克隆的介紹,采用立春紅染
27、膜。只是后來(lái)發(fā)現(xiàn)此操作不僅增加額外的操作時(shí)間,而且不能說(shuō)明任何問(wèn)題,于是拋棄之。首先,立春紅(也包括考染膠)的靈敏度和體系的靈敏度相差太遠(yuǎn),即使立春紅染膜無(wú)顏色,也無(wú)法提示結(jié)果會(huì)不會(huì)失敗(考染膠無(wú)顏色也不能說(shuō)明轉(zhuǎn)膜充分了,除非你銀染),你仍然得繼續(xù)后面的操作;相反靶蛋白區(qū)域有顏色,亦無(wú)法提示靶蛋白就轉(zhuǎn)膜完全了,也許只是另外一個(gè)分子量大小相近的蛋白。因此,無(wú)論立春紅染膜失敗或成功,你都必須進(jìn)行后續(xù)的操作。而立春紅染膠不僅增加額外的操作時(shí)間,而且增加一輪漂洗的操作,對(duì)膜和膜上的蛋白都不好。那么為什么不采用更直觀的預(yù)染做轉(zhuǎn)膜監(jiān)控的依據(jù)呢?理論上,同時(shí)轉(zhuǎn)膜、顏色是交聯(lián)到蛋白上的,因此顏色有多深表明有多
28、少蛋白轉(zhuǎn)印到膜上,非常直觀、不會(huì)增加任何額外的操作(固定的上樣量非常必要)。當(dāng)然上面提到針對(duì)膜,由于對(duì)小分子截留的局限,顏料分子會(huì)在高強(qiáng)度的轉(zhuǎn)印過(guò)程中從交聯(lián)的蛋白上脫落并穿過(guò)膜(顏料與蛋白交聯(lián)得過(guò)深會(huì)使整個(gè)糊掉;太緊(多)可改變蛋白構(gòu)象使遷移率改變。所以多數(shù)情況下顏料和蛋白之間是一種不穩(wěn)定的交聯(lián),這意味著在某些條件下,顏料會(huì)從交聯(lián)的蛋白上脫落,又因?yàn)槟し肿涌讖揭约澳?duì)不同物質(zhì)吸附能力的差異,顏料小分子會(huì)輕易穿過(guò)膜到濾紙背面,而蛋白則被牢固的截留在膜上),造成轉(zhuǎn)膜過(guò)度的假象?,F(xiàn)在你知道有這種局限,要么更換膜;要么采用上面提到的非常穩(wěn)定的轉(zhuǎn)膜條件、注意必要的細(xì)節(jié),就可從根本上忽略掉其對(duì)轉(zhuǎn)膜效率的指
29、示,而把預(yù)染的僅僅作為一個(gè)分子量大小的指針,當(dāng)然同時(shí)可確認(rèn)之前的轉(zhuǎn)膜操作無(wú)誤(沒(méi)有插反電極,放反膜),也可為后續(xù)抗體孵育操作時(shí)膜的正反面做必要的提示。不同公司預(yù)染的m效果不太相同,一般B和的常規(guī)分子量預(yù)染m要上80MBI的只要(膠大小20X30cm),Bm型3(8.2X7.4cm)MBI最低2.轉(zhuǎn)膜后就足夠清晰??贵w孵育B真正的難點(diǎn):抗體的使用是一種藝術(shù),一種抗體一個(gè)脾氣。對(duì)B結(jié)果有決定性影響的因素是抗體的效價(jià)和如果正確使用手中的抗體。無(wú)論你如何提高自己的轉(zhuǎn)膜技術(shù),高效和低效之間往往只有數(shù)倍的差異,而抗體的效價(jià)可以差數(shù)千倍以上;同樣,正確使用抗體可以保證抗體效價(jià)不被過(guò)分的拮抗,謀求特異性和非特
30、異性背景之間差異的最大化。封閉最短可以縮減到m:很多人把高背景或者黑板,認(rèn)定為封閉不充分,其實(shí)這也是沒(méi)有吃透B(說(shuō)實(shí)話,經(jīng)??吹綁由虾芏嗳诉@樣給人答疑,非常的無(wú)語(yǔ));實(shí)際上封閉(極端點(diǎn))也是個(gè)可有可無(wú)的步驟,真正對(duì)降低背景起核心作用的是抗體稀釋液中的組分。當(dāng)你的抗體使用次數(shù)較多時(shí),基本不用封閉也可以有較低的背景;如果抗體很新,其實(shí)封閉最短可以縮減到m(沒(méi)試過(guò)更短的,不一定不可以)。那什么導(dǎo)致高背景甚至黑板呢?抗體的質(zhì)量不太好(主因),或者抗體稀釋液的配方有問(wèn)題(增大抗體稀釋比略微有所改善)。封閉液的配方可以和抗體稀釋液相同,也可以不同;通常封閉液是最簡(jiǎn)單(單方)的抗體稀釋液,而抗體稀釋液可能是復(fù)方。封閉很少出狀況。不過(guò)在m做封閉劑的封閉液中,m顆粒未完全溶解時(shí),微小的顆粒會(huì)粘附在膜上增加星點(diǎn)狀背景緊接封閉操作的是抗體孵育,之間不要用漂洗??贵w孵育成敗的關(guān)鍵首要在抗體本身的質(zhì)量,包括抗體的效價(jià)和背景的強(qiáng)弱,然而歷來(lái)商品化的抗體質(zhì)量參差不齊。各家生產(chǎn)的抗體中質(zhì)量問(wèn)題最嚴(yán)重的是的抗體,但它們的價(jià)格卻是最便宜的。其實(shí),在美國(guó)的售后服務(wù)還是相當(dāng)不錯(cuò)的,只要按他們的要求操作仍然能舉證抗體的質(zhì)量問(wèn)題,可以更換、交換(你指
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