CoMFA使用說明

1、CoMFA使用說明第一步：分子數(shù)據(jù)庫的準(zhǔn)備以及登陸sybyl(回車鍵)在其它軟件上將一系列分子進行優(yōu)化，存成mol2的格式，如果模板分子是從晶體中取出，則將其它分子在模板分子的基礎(chǔ)上進行改造即可，將系列文件的mol2格式傳到sybyl后，注意：在其它軟件上構(gòu)建的分子在sybyl中有可能不認(rèn)，所以要檢查每一個分子。最好在sybyl中構(gòu)建分子！登陸工作站的方法是在下面的界面中輸入用戶名和密碼login：exercisepassword：jiao8514進入sybyl的方法，在下列界面中輸入sybyl sybyl界面第二步 建立分子數(shù)據(jù)庫，將優(yōu)化后的分子放入一個數(shù)據(jù)庫文件中1、建立新的數(shù)據(jù)庫：fil

2、edatabase/new：給數(shù)據(jù)庫命名，后綴為 *.mdb2、向建立的數(shù)據(jù)庫中放入分子，首先將模板分子放入，然后一一放入其它分子 fileread選定分子調(diào)出，built/editname molecule給分子名字ok 計算分子電荷：computecharges可供選擇的計算電荷的方法很多，一般小分子用：GasteigerHuckel大分子用：MMFF94蛋白用：pullman 將分子放入數(shù)據(jù)庫， filedatabaseput molecule 按上列順序?qū)⑵渌肿右灰幻?，然后放入?shù)據(jù)庫 注意：每放完一個分子后，將前一個分子去掉，方法：build/editzap（delete）mole

3、cule 建好數(shù)據(jù)庫后，可以檢查庫中有多少分子。方法Filedatabaselistmoleculeok，結(jié)果會在下方的shell中出現(xiàn)數(shù)據(jù)庫中的分子。3、分子疊加 filealign database 彈出下列界面在database to align 中選擇已經(jīng)建好的數(shù)據(jù)庫在template molecule 中選擇模板分子在commin substructure 中選定分子的公共部分其它的選項采用默認(rèn)ok，命名已經(jīng)疊合好的數(shù)據(jù)庫名字，注意：給數(shù)據(jù)庫的路徑，否則該數(shù)據(jù)庫就被保存在exercise的目錄下。第三步 填入?yún)?shù)調(diào)出剛才疊合好的數(shù)據(jù)庫，方法：filemolecule spreadsh

4、eetopen 選中數(shù)據(jù)庫名稱彈出下列界面【用new-database-選擇相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫】填入數(shù)據(jù)，一般第一列加入活性數(shù)據(jù)用鼠標(biāo)選中第二列，點擊autofill，彈出下列界面選中CoMFAok, 彈出下列界面點擊type（s）中的steric其它選用默認(rèn)值，點擊add coloum給出該列的名稱ok，該列被自動加上了立體場參數(shù)，重復(fù)上面步驟，在新的一列加上electroatatic參數(shù)。第四步 數(shù)據(jù)分析添加參數(shù)后的表格如下：點擊QSARPartial Least Squares，彈出如下界面 1、 留一法 點擊leaveoneout為紅色去掉use samples，在Column filter

5、ing中填入過濾值，建議為2（能量大于此值的分子將被過濾），在components 中填入主成分?jǐn)?shù)，可以大一些，這是PLS的優(yōu)點之一，即我們填入的主成分?jǐn)?shù)過大，它也能自動找到一個合適的主成分?jǐn)?shù)。最后在Analysis Name 中填入文件名。點擊Do PLS，提示為PLS命名ok該過程較慢，需要耐心等待。計算完畢，在shell中出現(xiàn)component 值和R2的值，注意此時的主成分?jǐn)?shù)需要在下一步Nocrossvalidation中的component中填入。2、非交叉驗證：點擊Nocrossvalidation在上面的界面中點擊Nocrossvalidation，填入上一步得到的主成分?jǐn)?shù)，命名

6、Do PLS，當(dāng)返回表格后，點擊end上面的結(jié)果，F(xiàn)值，立體場，靜電場等會在shell中出現(xiàn)第五步 查看CoMFA圖在分析表格中點擊QSARView QSARCoMFA,出現(xiàn)下列表格選擇show stericsshow或show electrostatics，出現(xiàn)立體或靜電彩圖第六步 平動轉(zhuǎn)動：1. 準(zhǔn)備工作程序文件：rotate.sh, rotate.spl, trans.sh, trans.spl, generate_box.awk需要準(zhǔn)備的文件：align.mdb, activity.txt結(jié)果輸出文件：rotate (graph.file, message ), trans (grap

7、h.file, message, original)2. 具體步驟2.1 轉(zhuǎn)動2.1.1 命令：sh rotate.sh注意：可以改變的地方.dbname改成要進行轉(zhuǎn)動的數(shù)據(jù)庫；txtname為活性數(shù)據(jù)文件；output_file是結(jié)果輸出文件名；increment為轉(zhuǎn)動角度；select 是val的數(shù)目。此步生成很多數(shù)據(jù)庫，完成后把沒用的數(shù)據(jù)庫刪除。其中調(diào)用的rotate.spl文件可以修改step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet2.1.2 結(jié)果分析：graph.file文件中前三列是X，Y，Z軸的轉(zhuǎn)動角度（0，

8、30，60，90，）對應(yīng)著數(shù)據(jù)庫的名字（0，1，2，3，），例如下圖中的第二行（30 0 0）對應(yīng)數(shù)據(jù)庫database1_0_0.mdb.第四、五列是leave-one-out的主成分?jǐn)?shù)和q2值。2.2 平動2.2.1 命令：sh trans.sh轉(zhuǎn)動后得到最好的數(shù)據(jù)庫基礎(chǔ)上進行平動。同理轉(zhuǎn)動，修改dbname, txtname, output_file, step_size, increment.同理可以修改trans.spl中的step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principle_component.2.2.2 結(jié)果分析graph.fil

9、e文件中前三列是X，Y，Z軸的平動步長（0.00，0.20，0.40，0.60，）對應(yīng)著數(shù)據(jù)庫的名字（0，1，2，3，），例如下圖中的第二行（0.00 0.00 0.20）對應(yīng)的格點文件original中的r0_0_1.rgn.第四、五列是leave-one-out的主成分?jǐn)?shù)和q2值。找到最佳q2對應(yīng)的格點r0_0_1.rgn，打開original文件，截取相應(yīng)部分令存為trans.rgn，可以用于后續(xù)的交叉驗證分析。第七步 從工作站上抓圖進入工作的文件夾，再打開一個Unix窗口，Desktopopen Unix shell在shell中運行下面兩個程序：snapshot和imageworgs在工作的文件夾下進入sybyl打開數(shù)據(jù)庫：filedatabaseopen 調(diào)出疊合分子：analyzedatabase RMSD Fitting調(diào)出經(jīng)過最小二乘法后的活性數(shù)據(jù)表格： filemolecule spreadsheetopen分別調(diào)出立體場合靜電場的彩圖，去掉其它分子，只剩下模板分子，改成ball方法：viewmixed renderingballallok將光標(biāo)放在snapshot上，壓住左鍵下拉，將要抓的圖圈