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文檔簡介
1、南師大數(shù)科院省重點實驗室集群使用手冊(V1.0)1. 集群的各項配置信息1.1 硬件配置集群共有108個計算節(jié)點,4臺登陸管理節(jié)點,2臺I/O節(jié)點,1臺胖節(jié)點,1臺GPU節(jié)點組成。根據(jù)具體情況,會開啟部分或全部節(jié)點供計算使用。108個計算節(jié)點配置如下:a) CPU:2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHzb) Memory:12* 4GB DDR3 LP RDIMMc) Hard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K胖節(jié)點配置如下:a)CPU:4* Intel Xeon 8C E7-4820 2.0GHzb)M
2、emory:64*8GB DDR3 LP RDIMMc)Hard Disk: 4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K1.2 軟件配置集群域名:集群登錄IP:33操作系統(tǒng):Red Hat Enterprise Linux 5.7編譯器:Intel C+ Linux 2011.7.256 ,Intel Fortran Linux 2011.7.256數(shù)學庫:Intel Math Kernel Library 11.0MPI實現(xiàn):MVAPI2集群管理軟件:君富EasyCluster高性能計算集群管理軟件V1.6已安裝的科學軟件
3、:vasp 4.62. 使用指南2.1 如何登錄集群?兩種方法可以訪問集群:(1) 使用ssh client,如ssh secure shell client,啟動后連接集群即可,如下圖所示:(2) 使用EasyCluster,打開IE瀏覽器,輸入URL:,出現(xiàn)如下界面:注:(1) 首次使用EasyCluster,請按照上述界面提示,下載插件并安裝,否則將無法正常瀏覽EasyCluster。單機界面中黃顏色的“此處”超級鏈接,即可下載插件(使用IE的windows用戶和使用firefox的Linux用戶,請根據(jù)界面提示下載對應的插件包),下載完成后雙擊即可開始安裝。(2) EasyCluste
4、r的帳戶系統(tǒng)和服務器(指安裝EasyCluster服務器端程序的服務器)操作系統(tǒng)的帳戶是一致的。換句話說,用戶只需要使用一套用戶名和口令就可以登錄EasyCluster和服務器的Linux/UNIX操作系統(tǒng)。插件安裝完成后,輸入帳號和密碼,進入EasyCluster系統(tǒng)主界面,如下圖所示:版本號退出系統(tǒng)子功能導航主功能導航1、退出系統(tǒng)鏈接。通過單擊該超鏈接,EasyCluster將清除用戶的登錄信息,回到登錄界面,從而安全的退出EasyCluster系統(tǒng)。在此,我們強烈推薦用戶每次退出系統(tǒng)都通過這種方式進行,而不是直接將瀏覽器關閉。2、主功能導航。此處是EasyCluster全部功能的清單,從
5、圖上可以看出,EasyCluster的功能模塊主要有提交任務、任務管理、消息管理、待辦事宜、記帳信息、控制面板。2.2 如何退出登錄?n 使用方法1,即ssh client登錄集群的用戶,請輸入命令“exit”退出登錄。然后關閉ssh client軟件即可。n 使用方法2,即EasyCluster的用戶,請單擊主界面中的“退出”超鏈接退出登錄,然后關閉瀏覽器即可。2.3 如何上傳/下載文件?使用ssh client登錄上集群之后,使用sftp功能即可上傳下載文件。sftp是基于SSH的FTP實現(xiàn),傳輸安全穩(wěn)定。以上述ssh secure shell client軟件為例,登錄進入集群之后,單擊
6、下圖1中所示的工具欄按鈕,即可打開SFTP的界面(如下圖2):單擊這個按鈕即可打開SFTP在SFTP的界面中,左側是本地硬盤的文件瀏覽界面,右側是遠程服務器上的文件瀏覽界面,使用“拖拽”的方法即可完成文件的上傳和下載。即將文件或文件夾從左側拖拽到右側,即可完成文件的上傳;將文件從右側拖拽到左側,即可完成文件的下載。2.4 如何提交一個普通計算任務?使用EasyCluster提交計算任務。EasyCluster帶有一個任務調度系統(tǒng),在EasyCluster中提交的任務,將根據(jù)任務的要求和相應的配置情況,被放入任務排隊隊列。同時,EasyCluster會根據(jù)集群目前的負載情況,自動挑選出滿足任務條
7、件的計算節(jié)點,將任務放到這些節(jié)點中運行。(1) 提交一個普通的計算任務,在EasyCluster左方的主功能導航中,單擊【提交任務】,出現(xiàn)如下界面:將這種任務提交表單填寫完成,即可提交一個任務,該表單中各字段的含義和填寫方法如下:填寫項必須填寫描述及操作任務名稱用來標識任務的文字,建議不要超過8個字符。任務名稱的第一個字符不能是數(shù)字,且任務名稱中不能包含空格。任務類型選擇是串行任務還是單機并行任務還是多機并行任務。串行:任務只有一個進程和線程做計算,只會只用一個CPU核;單機并行:在一個節(jié)點上采用多線程做并行計算,進程數(shù)項目的“最小”、“最大”欄目填寫的數(shù)字均不得超過一個計算節(jié)點上的CPU核總
8、數(shù),否則任務會一直處于等待狀態(tài)。多機并行:多進程方式做并行計算,特指基于MPI的分布式多進程并行方式。如果選擇并行任務,則后續(xù)的并行環(huán)境將成為必填項。執(zhí)行程序單擊該項的【瀏覽】按鈕將打開對話框供用戶選定本次任務的可執(zhí)行程序。工作目錄單擊該項的【瀏覽】按鈕將打開對話框供用戶選定本次任務的應用程序數(shù)據(jù)文件所在的子目錄。輸出目錄規(guī)定任務的輸出信息文件存放的路徑。單擊該項中【瀏覽】按鈕可彈出對話框供用戶選擇輸出目錄。EasyCluster會將任務的“寫屏”信息重定向一個輸出文件中,該項配置即指定EasyCluster將該輸出文件放置到哪個目錄下。任務隊列選擇本次任務所使用的任務隊列。任務隊列是指用戶的
9、任務在哪個隊列里排隊、運行。隊列是用戶授權和計算資源的集合體,隊列里定義了屬于隊列的節(jié)點機、用戶組、并行環(huán)境、附屬隊列以及其它的屬性。并行環(huán)境(PE) (并)本項只對并行任務有效。并行環(huán)境中定義了MPICH并行軟件的操作命令行、包含的節(jié)點列表等信息。此項配置將在EasyCluster安裝過程中配置完畢,用戶無需關心。集群默認的并行環(huán)境是mvapi2。進程數(shù) (并)本項只對并行任務有效。指本次并行任務需要多少進程進行計算,必須填寫數(shù)字。EasyCluster將自動查找滿足任務條件的節(jié)點并啟動程序,如果沒有滿足任務條件的節(jié)點存在,任務將被掛起并排隊?!白钚 币粰诒仨毺睿白畲蟆币粰诓惶顚懙脑拰⒛J
10、使用預設的該用戶的單任務最大進程數(shù)。合并輸出EasyCluster任務調度模塊在任務運行過程中或結束后會生成該任務的輸出文件。輸出文件共有四個,格式如下:.o .e.po .pe其中.o和.e兩個文件中存放的是任務本身的標準輸出信息和標準出錯信息;.po和.pe兩個文件中存放的是EasyCluster任務調度模塊本身的一些調試信息。如果將本項設置選中,表示將.o和.e文件合并,將.po和.pe文件合并,也就是說,輸出變成兩個文件,不再是四個文件,這樣方便閱讀。郵件提醒選中“Email地址”左方的復選框表示該任務需要打開郵件提醒功能。在此情況下,Email地址將成為必填項。您還可以選擇需要在什么
11、情況下發(fā)出提醒,這可以通過勾選下方的“任務啟動” 、“任務完成”、“任務掛起”和“任務恢復”四個復選框來完成。未選中“Email地址”左方的復選框表示該項任務不需要郵件提醒功能,此時,Email地址、任務啟動、任務完成、任務掛起、任務恢復這幾項界面元素的填寫內(nèi)容將被忽略。啟動時間單擊該項中的【瀏覽】按鈕可彈出日期時間選擇對話框。此處供用戶選擇本次任務的預約啟動時間。當預約啟動時間達到時,EasyCluster將任務排入任務隊列,如此時集群有滿足任務條件的計算節(jié)點存在時,任務將啟動,否則將繼續(xù)排隊。該項不填表示立即將任務排入任務隊列。命令行選項本項目前只對并行任務有效。運行并行程序通常都需要一些
12、第三方的軟件的支持,如MPICH、LAM等。本項內(nèi)容指的是傳遞給啟動并行程序腳本的參數(shù),如傳遞給mpirun命令的參數(shù)。注意不要和“程序參數(shù)”一項混淆。程序參數(shù)指的是傳遞給執(zhí)行程序的參數(shù)(用戶選定的執(zhí)行程序)。程序參數(shù)傳遞給執(zhí)行程序的參數(shù),如執(zhí)行程序的輸入數(shù)據(jù)文件。2.5 如何查看正在執(zhí)行的任務?單擊EasyCluster功能菜單【任務管理】-【查詢未完成任務】即可查詢到正在執(zhí)行的任務。在輸出信息中,任務狀態(tài)一欄若為“qw”表示任務正在排隊;若為“t”或“r”狀態(tài)表示任務已經(jīng)開始運行。同時在這些信息中,可以查看到EasyCluster將任務放置到了哪個/哪些節(jié)點上執(zhí)行。2.6 如何修改我的登錄
13、密碼?單擊EasyCluster主功能菜單【控制面板】的子模塊【修改登陸密碼】,出現(xiàn)如下界面:輸入兩次新密碼即可完成密碼的修改。注:EasyCluster的帳戶系統(tǒng)和使用ssh client登錄系統(tǒng)的帳戶是一套系統(tǒng),也就是說,在EasyCluster中修改了密碼之后,下次登錄,無論使用ssh client還是EasyCluster,都必須使用修改后的密碼方可登錄。使用命令行修改密碼的步驟為:$ passwd$ mypass后面的mypass是同步帳戶的2.7 如何編譯一個串行程序?使用集群上的Intel編譯器可以編譯一個程序。如編譯一個C程序,使用命令行:icc -o 如編譯一個C+程序,使用
14、命令行:icpc -o 如編譯一個Fortran程序(77或90均可),使用命令行:ifort -o 2.8 如何編譯一個并行程序?如編譯一個C并行程序,使用命令行:mpicc -o 如編譯一個C+并行程序,使用命令行:Mpicxx -o 如編譯一個Fortran程序(77或90均可),使用命令行:mpif90 -o 2.9 如何提交Matlab任務?數(shù)據(jù)準備啟動ssh/sftp客戶端軟件并登錄,將*.m文件上傳至一個任務目錄里。提交Matlab任務有兩種方式可以提交matlab任務(1)通過Easycluster界面提交任務首先登錄進入Easycluster的普通用戶界面,點擊提交任務,在右
15、邊的提交任務框內(nèi)填寫必要的項目。任務名稱:要求最多8個西文字母或數(shù)字,且首字符必須是字母。任務類型:串行執(zhí)行程序:點擊“瀏覽”,在目錄中選擇/usr/local/Matlab2010a/bin/matlab工作目錄:點擊“瀏覽”,在目錄中選擇前面上傳數(shù)據(jù)文件的目錄任務隊列:在下拉框選擇matlab.q(在胖節(jié)點計算),或者math.q(在計算節(jié)點計算)點擊“高級選項”欄右邊的下拉符合并輸出:選中程序參數(shù): -nodisplay -nojvm dri.out其中driver.m是輸入的主數(shù)據(jù)文件,dri.out是輸出文件(2)腳本方式提交任務首先準備好matlab的任務腳本,例如matlab.sh ,內(nèi)容如下:-#!/bin/sh#_INFO_MARK_BEGIN_# Welcome to use EasyCluster V1.6 All Rights Reserved.#_INFO_MARK_END_#$ -S /bin/sh#$ -N mjob#$ -j y#$ -o ./#$ -e ./#$ -cwd#$ -q math.qsource /.bash_profile#source /.bash
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