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重組檢測(cè)軟件RDP4的應(yīng)用 匯報(bào)人 趙燁 1 Introduction RDP4 RecombinationDetectionProgramversion4 是一個(gè)檢測(cè)和分析重組信號(hào)的軟件 包括7種基本檢測(cè)程序 RDPmethod GENECONV Bootscanning MaxChi Cimaera 3SEQandSiScan 和4種附加檢測(cè)程序 LARD PHYLPRO distanceplotsandTOPAL 2 3 操作基本步驟 打開一個(gè) meg格式的文件 左擊鼠標(biāo)open按鈕 點(diǎn)擊頁(yè)面頂端options按鈕 進(jìn)入General頁(yè)面選擇一系列參數(shù) 左擊主界面上的X over按鈕開始進(jìn)行重組分析 分析完畢后出現(xiàn)四個(gè)界面 順時(shí)針方向依次為 SequencedisplayTherecombinationinformationdisplaySchematicsequencedisplayPlotdisplay 4 5 6 RDP4界面的主要組成部分 分析進(jìn)度條 7 sequencedisplay 8 左擊序列中的部位可以顯示不同顏色代表的含義 鼠標(biāo)懸空在某個(gè)核苷酸上會(huì)顯示出該核苷酸處于何序列的具體位置 右擊鼠標(biāo)可以保存不同形式你想要的序列 9 Therecombinationinformationdisplay 10 現(xiàn)以下情況 該界面還會(huì)出現(xiàn)warning標(biāo)示 紅色 1 在比對(duì)序列中只有一個(gè)可能為父母代毒株的序列 2 有可能 約30 或更大的可能 誤認(rèn)為重組序列 即實(shí)際上父母代的序列中的某個(gè)才是真正的重組毒株 如果是這樣會(huì)在后面顯示出實(shí)際上可能為重組毒株的父母代毒株的名字 3 無(wú)法識(shí)別出一個(gè)或全部?jī)蓚€(gè)突變位點(diǎn) 4 一個(gè)或兩個(gè)突變位點(diǎn)是錯(cuò)位的 5 重組信號(hào)微弱 6 如果復(fù)合信號(hào)可能是一個(gè)分析錯(cuò)誤的人工制品 11 confirmationtable 部分表明了用不同方法檢測(cè)出發(fā)生該重組事件的毒株數(shù)和關(guān)于目前檢測(cè)到的重組事件的符合程度Confirmationtable下面是一個(gè)總結(jié)性的柱狀圖 對(duì)于99 的用戶來(lái)說(shuō)前三條柱狀圖代表的是有用的信息 柱狀圖下面的分?jǐn)?shù)大于60 代表這該毒株幾乎確定為重組毒株 大于40 小于60 的分?jǐn)?shù)代表軟件可能犯了錯(cuò)誤 但也可能沒有 小于40 表示該毒株很可能不是重組毒株 12 13 主要親本與重組序列的同源性 主要親本與次要親本的同源性 ThePlotDisplay 14 15 16 TreeDisplay 17 18 點(diǎn)擊右上角的 cyclethroughtrees 按鈕即可以用該序列的不同部分進(jìn)行做樹分析 包括 1 根據(jù)重組序列的不同部分分別作樹 2 只有已確認(rèn)的重組區(qū)域做樹 即用minorparent部分 3 只用已確認(rèn)的非重組區(qū)域做樹 即majorparent部分 4 忽略重組的所有區(qū)域做樹 19 你還可以選擇不同方法做樹 包括 neighbourjoining leastsquares maximumlikelihood andBayesiantrees Mark sequencename asalsohavingevidenceofthisevent 和 Mark sequencename asnothavingevidenceofthisevent 選項(xiàng)可以使你在樹上手動(dòng)修改你認(rèn)為RDP所犯的錯(cuò)誤 Goto sequencename 選項(xiàng)可以指引你在schematicsequencedisplay板塊看到這個(gè)序列 Recheckplotwith sequencename asrecombinant minorparent majorparent 選項(xiàng)可以使你看到如果你替換了其中一個(gè)序列后 進(jìn)化樹會(huì)有什么變化 20 RD