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跨膜區(qū)分析(TMHMM),2,跨膜區(qū)分析(TMHMM),蛋白質(zhì)含有跨膜區(qū),提示它可能作為膜受體起作用,也可能是定位在膜上的膜蛋白的膜錨定蛋白或離子通道蛋白。跨膜區(qū)常見(jiàn)的分析軟件有TMHMM.TMPERD.TMP。TMHMM是一個(gè)基于馬爾可夫模型預(yù)測(cè)跨膜螺旋的程序,它綜合了跨膜區(qū)疏水性、電荷偏倚、螺旋長(zhǎng)度和膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)限制等性質(zhì),可對(duì)跨膜區(qū)及膜內(nèi)外區(qū)進(jìn)行整體預(yù)測(cè)。由于其在區(qū)分可溶性蛋白和膜蛋白方面尤為見(jiàn)長(zhǎng),故常用于判定一個(gè)蛋白是否為膜蛋白。http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/,SIB,步驟一:打開(kāi)在線工具,http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/,步驟二:提交序列,步驟三:參數(shù)設(shè)置,參數(shù)介紹:Extensive,withgraphics(圖形化顯示)Extensive,nographics(不以圖形化顯示)Onelineperprotein(每個(gè)蛋白遵行顯示),步驟四:顯示結(jié)果,結(jié)果解讀,結(jié)果顯示:P8蛋白的1-405位氨基酸位于細(xì)胞膜表面,406-426位氨基酸之間形成一個(gè)典型的跨膜螺旋區(qū)。,結(jié)果顯示:與該蛋白的疏水性區(qū)域分析結(jié)果基本一致,表
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