深度測序小RNA

1、Illumina HiSeq TM 2000深度測序所得的小 RNA(sRNA)幾乎涵蓋所有 RNA，包括 miRNA、siRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA 、 exon或intron降解片段等。通過與已知數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對、尋找樣品與數(shù)據(jù)庫之間在基 因組位置上的overlap 等方法，對sRNA進(jìn)行注釋，同時(shí)選取沒有被注釋上的sRNA，使用華大自主開發(fā)的軟件Mireap預(yù)測novel miRNA 。1 實(shí)驗(yàn)流程小分子RNA是生物體內(nèi)一類重要的特殊分子，誘導(dǎo)基因沉默，參與細(xì)胞生長、發(fā)育、基因轉(zhuǎn)錄和翻譯等諸多生命活動的調(diào)控過

2、程?；贗llumi na HiSeqTM 2000高通量測序技術(shù)的小 RNA數(shù)字化分析，采用邊合成邊測序(SBS-sequencing bysynthesis),可減少因二級結(jié)構(gòu)造成的一段區(qū)域的缺失。并具有所需樣品量少，高通量,高精確性，擁有簡單易操作的自動化平臺和功能強(qiáng)大等特點(diǎn)，一次性獲得數(shù)百萬條小分 子RNA序列，能夠快速全面地鑒定該物種在該狀態(tài)下的小分子RNA并發(fā)現(xiàn)新的小分子RNA ,構(gòu)建樣品之間的小分子 RNA差異表達(dá)譜，為小分子RNA功能研究提供有力工具。 其實(shí)驗(yàn)流程如圖1和圖2 :a因羽測圖1小RNA測序厳務(wù)蘆程持品商雀異與JEM2.信息分析流程lllumina HiSeqTM

3、2000 測序所得49nt序列，通過去接頭、去低質(zhì)量、去污染等 過程完成數(shù)據(jù)處理得到干凈序列，對其進(jìn)行序列長度分布的統(tǒng)計(jì)及樣品間公共序列統(tǒng)計(jì)。 將清理后的干凈序列分類注釋，可以獲得樣品中包含的各組分及表達(dá)量信息。將所有小RNA片段注釋后，用剩下的未注釋片段來進(jìn)行：1. novel miRNA 的預(yù)測；2.已知miRNA的堿基編輯預(yù)測。其流程如下圖:filter km QualitvComnwn/$.pKrfcsequelsFu：l- egi*i s<imH RNAMfiS1 Triir： S' Ktptif2 Cteun up too s/r*ll E邸 md c(Mitaman

4、«1>oir 介 . iStandard analvsisle ftgthUn«nnc：»tedSift-NAKn*wnExon,KnowntlRNAS,RepeatSFNAmiRNAUp巾piANAtRIVAs.*nR帖陽，RgreckjttkorTPotenLinrRSA申hov?miRAVpr 電 melon圖3. RNA | =息分析流程3 .技術(shù)優(yōu)勢?高通量：一次測序得到 800萬條以上的序列?不依賴已知信息：既能鑒定已知small RNA 又能發(fā)現(xiàn)新small RNA?高分辨率：可以檢測單堿基差異?高精確度：從幾個到數(shù)萬個拷貝精確計(jì)數(shù)?良好的重復(fù)

5、性：深度測序保證了檢測隨機(jī)性，重復(fù)性非常好，無需技術(shù)重復(fù)4.應(yīng)用領(lǐng)域5 .運(yùn)用small RNA測序技術(shù)發(fā)表的部分文章 Hu ZB, Che n X, Zhao Y,et al. Serum microRNA sig natures ide ntified ina geno me-wide serum microRNA expressi on profili ng predict survival of non-small-cell lung cancer. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28(10):1721-1726. Chen X, Gao CH

6、, Li HJ, et al . Identification and characterisation of microRNAs in raw milk during different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products. Cell Research. 2010: 1-10. Liu SP , Li D, Li QB, et al . MicroRNAs of Bombyx mori identified by Solexa seque ncing. BMC Ge nomics. 2010,

7、11: 148. Liang CW, Zhang XW, Zou J,et al . Identification of miRNA fromPorphyra yezoe nsis by High-Throughput Seque ncing and Bioin formatics An alysis. PLoS ONE. 2010, 5(5): e10698. Che n X, Li QB, Wang J, Song CN, Wang C, Zhang CQ, et al . Deep sequencing discovery of novel and con served microRNA

8、s in trifoliate orange (Citrus trifoliata). BMC Gen omics. 2010, 11: 431.et al. Identification and characterization of no vel amphioxus microRNAs by Solexa seque ncing. Genome Biology. 2009, 10(7): R78 (1-13). Wei Y, Chen S, Yang P , et al. Characterization and comparative profiling of the small RNA tran scriptomes in two phases of locust. Genome Biology.2009, 10(1): p. R6. Chen X, Ba Y, Ma LJ, et al . Characterization o