R語言初學(xué)者的一些常見報錯指南

第R語言初學(xué)者的一些常見報錯指南目錄前言第一類：工作路徑問題未設(shè)定工作路徑當前路徑需要修改第二類：對象名或函數(shù)名問題未找到函數(shù)名報錯函數(shù)名大小寫問題未找到賦值對象對象賦值不規(guī)范第三類：符號問題中文逗號報錯絕對路徑的設(shè)定符號使用不規(guī)范缺少括號或引號賦值號報錯必要的引號與括號第四類：中文注釋亂碼第五類：數(shù)據(jù)集或變量長度不同總結(jié)

前言

與Python、C語言等相比，R語言可以說是比較容易的編程語言之一（更適合數(shù)據(jù)探索和科研）。盡管R語言相對簡單，但仍給新手小白們帶來無數(shù)的困難和痛苦。特別是，當你在run一份code，發(fā)現(xiàn)每行code都出現(xiàn)Error，更是無奈。然而，在剛開始學(xué)習(xí)R語言的過程中，這些ERROR又不可避免。對我自己而言，剛開始學(xué)習(xí)R時，也遇到了各式各樣的Error，確實讓人崩潰。這里，我給大家總結(jié)了一些初學(xué)者學(xué)習(xí)代碼時容易踩的坑，以及如何copywith，以Rstudio為例。

第一類：工作路徑問題

未設(shè)定工作路徑

如下：CannotfindXX.csx/txt/xlsx等等，這是新手常見的報錯工作路徑問題。在出現(xiàn)這類報錯時，第一反應(yīng)檢查自己在導(dǎo)入/讀取文件前是否設(shè)置了工作路徑，或者說工作路徑設(shè)定是否正確。具體理解：也就是說，所要讀取或加載的文件必須存在當前設(shè)定的路徑下才允許。其次，如果我們設(shè)定了工作路徑，但是發(fā)現(xiàn)該存在路徑下，并沒有存放所需文件也需要更改工作路徑。例子，有兩種情況需要注意。一是，在讀取文件前沒有設(shè)置工作路徑，解決辦法：補充該工作路徑所在路徑，用setwd()設(shè)置；二是，設(shè)置了工作路徑，但是當前工作路徑不是該文件所在的工作路徑，解決辦法：更改工作路徑，先用getwd()檢查當前的工作路徑，再用setwd()進行修改。

##第一種情況

library(openxlsx)

mydata-read.xlsx("1.xlsx",1)

#報錯信息如下

ErrorinloadWorkbook(file,password=password):Cannotfind1.xlsx

#解決辦法

setwd()#這是設(shè)置所需讀取文件的工作路徑的函數(shù)，路徑記得加雙引號或者單引號。

Tips：在讀取前文件前用setwd()來設(shè)置絕對路徑是一種方法，但這樣得保證每次所用數(shù)據(jù)都必須在同一個工作路徑才可以，并且得清楚這個路徑的名稱（這里可以從我的電腦去復(fù)制粘貼路徑），否則都需要改。然而，通常我們的數(shù)據(jù)都是根據(jù)個人情況分別放在不同的文件夾，即工作路徑都不同。因此，每次讀取文件前，我在這里推薦大家用這個方法選擇工作路徑（choosedirectory）以解決上述問題：

當前路徑需要修改

##第二種情況

setwd(XXXX)

mydata-read.xlsx("1.xlsx",1)

#報錯信息與第一種情況一樣

#解決辦法

getwd()#這是檢查當前工作路徑的函數(shù)

setwd()

選擇好后，我們會在console這個界面看到一個路徑，如：I：/作業(yè)就是我們的當前工作路徑。在R里面所有的操作，導(dǎo)入導(dǎo)出文件都會保存在這個路徑下。

第二類：對象名或函數(shù)名問題

未找到函數(shù)名報錯

如下：CouldnotfindfunctionXXX等等，這個報錯是屬于程序包沒有加載的問題。因此，在使用某個函數(shù)時，首先要清楚知道該函數(shù)屬于哪個程序包里的，并先用library（）讀取該程序包，然后再運行該函數(shù)即可。

mydata-read.xlsx("1.xlsx",1)

##報錯信息如下

Errorinread.xlsx("1.xlsx",1):couldnotfindfunction"read.xlsx"

###解決辦法

library(openxlsx)

mydata-read.xlsx("1.xlsx",1)mydata-read.xlsx("1.xlsx",1)

如果不清楚該函數(shù)是哪個程序包，我們可以用read.xlsx或help（xx）來咨詢，咨詢結(jié)果如下：紅色框即為所需要的程序包，需要注意的是在咨詢的時候必要時需加上引號。

函數(shù)名大小寫問題

我們在調(diào)用程序R包、函數(shù)名時，要注意一個小問題字母的大小寫。這里，我直接用例子給大家展示：head(）、Head(）以及HEAD(）這里只有第一個函數(shù)名是能夠正常運行的，因為在R語言中只存在自帶函數(shù)名的字母大小寫，也就是說，程序中不會默認都是大寫或者都是小寫。

##R語言程序包大小寫錯誤

library(Openxlsx)

##報錯信息如下

Errorinlibrary("Openxlsx"):thereisnopackagecalled‘Openxlsx'

##更正后

library("openxlsx")

##函數(shù)名大小寫錯誤

mydata-Read.xlsx("I:\\Rlanguage\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2)

##報錯信息如下

ErrorinRead.xlsx("I:\\Rlanguage\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2):

couldnotfindfunction"Read.xlsx"

##更正大小寫后

mydata-read.xlsx("I:\\Rlanguage\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2)

##另外一個example

Head(mydata)

##報錯信息如下

ErrorinHead(mydata):couldnotfindfunction"Head"

##更正后

head(mydata)

錯誤結(jié)果和更正展示：

未找到賦值對象

如下：objectxxxnotfound，這類報錯比較直觀，就是如錯誤所描述的：找不到目標的問題。在下面例子中，就是報錯信息中的a找不到。通常可能是你自己在運行代碼時候，run的太快了，上一行的數(shù)據(jù)讀取信息還沒讀，就緊接著跑下一行代碼，所以會出現(xiàn)第二行代碼報錯，沒有找到a這個變量。以后出現(xiàn)這類錯誤時，只需要查看一下自己環(huán)境變量是否缺少該目標變量，如果缺少了補充上就可以了。

##這類錯誤檢查環(huán)境變量中是否存在所需目標

library(ggplot2)

library(datasets)

data(package="datasets")##查看該程序包里含有哪些數(shù)據(jù)集

data(iris)

head(iris)

b-a[-1]

##報錯信息如下

Error:object'a'notfound

##解決辦法

##補充目標變量即可

a-data.frame(iris$Species,iris$Sepal.Width)

b-a[-1]

個人建議：在報錯時，先檢查下環(huán)境變量中的變量，是否能找到所需要的目標。如果沒有的話，把目標變量讀取后再運行報錯的代碼即可。

對象賦值不規(guī)范

如下：unexpectedsymbolin1r，這類錯誤也是新手會犯的，但這類錯誤很簡單，我們在定義目標變量的時候，不能用數(shù)字作為定義名。這里我提供一個思路去理解，如果可以用數(shù)字打頭，也需要加上字母：例如1+UUU;1+AALL。然而這些不能作為變量名，因為編譯器不能區(qū)分究竟是數(shù)字還是變量名。利用數(shù)字和字母一起顯然沒有只用字母來的簡便，索性就去掉了。因此，我們需要記住的是，在定義目標變量名稱的時候不能用數(shù)字打頭。

##數(shù)字打頭不能做變量名的錯誤

1r-iris$Species

##報錯信息如下

Error:unexpectedsymbolin"1r"

##解決辦法

##把數(shù)字去掉，只用字母作為變量名

r-iris$Species

第三類：符號問題

中文逗號報錯

如下：unexpectedinputinXXX,這類錯誤是初學(xué)者常遇到的中英文標點符號問題。新手在出現(xiàn)這類報錯時，第一反應(yīng)應(yīng)該查看報錯的位置Errorin停在哪里。在下面例子中，句子停在了Species，之后，通過仔細查看代碼，能夠發(fā)現(xiàn)句子中報錯的位置是一個中文格式的逗號。因此，把中文格式的逗號改成英文格式即可，這種報錯只要在R語言練習(xí)一段時間后就基本不會再煩了。

##這類錯誤需要檢查中英文標點符號

library(ggplot2)

library(datasets)

data(package="datasets")##查看該程序包里含有哪些數(shù)據(jù)集

data(iris)

head(iris)

a-data.frame(iris$Species，iris$Sepal.Width)

##報錯信息如下

Error:unexpectedinputin"a-data.frame(iris$Species，？"

##解決辦法

##將中文的標點符號改成英文模式下的即可

a-data.frame(iris$Species,iris$Sepal.Width)

個人建議：由于rstudio剛開始使用時用的是默認的背景模板，為了在學(xué)習(xí)過程中節(jié)省一些時間，提高代碼的準確率，可以用下面方法更換一下背景模板，選擇一種最適合自己的模板，減少不必要的錯誤。

絕對路徑的設(shè)定符號使用不規(guī)范

如下：unexpectedinputinsetwd(I:，是路徑未設(shè)定成功，但是根本報錯是因為路徑符號不對導(dǎo)致的。我們需要清楚在R語言中引用地址的時候，需要注意是/還是\（單向左還是雙向右下的斜杠）。如果在地址引用時，用了//或就會報錯。下面我們用例子來展示，我們發(fā)現(xiàn)我們在設(shè)置路徑時，符號用錯了，直接報錯。在讀取數(shù)據(jù)時，工作路徑的符號也用錯了，出現(xiàn)了同樣的報錯。這里，我們只需要熟記一點，在R語言中要用/or即可。

##這類報錯也屬于符號使用錯誤

setwd("I:\Rlanguage\R語言鄭師兄代碼")

##報錯信息如下

Error:unexpectedinputin"setwd(I:\"

##解決辦法

##把'\'改成'/'or'\'

setwd("I:\\Rlanguage\\R語言代碼")

setwd("I:/Rlanguage/R語言代碼")

##同樣是工作路徑的情況

library(openxlsx)

mydata-read.xlsx("I:\Rlanguage\R語言代碼\圖一.xlsx",2)

##報錯信息如下

Error:'R'isanunrecognizedescapeincharacterstringstarting""I:\R"

##解決方法與上述相同

mydata-read.xlsx("I:\Rlanguage\R語言代碼\圖一.xlsx",2)

報錯結(jié)果如下：

更正后結(jié)果：

缺少括號或引號

如下：unexpectedsymbolin:XXX，這類報錯是比較常見且簡單的，屬于缺少or多余符號。這類錯誤出現(xiàn)時，應(yīng)該第一時間查看error中出現(xiàn)報錯的位置，出現(xiàn)問題的地方在兩個報錯的兩個雙引號之間，因此應(yīng)該出現(xiàn)在第一行和第二行代碼之間。下面的例子中，我們發(fā)現(xiàn)缺少了括號，因此我們在代碼的最后把括號補充上后，問題就解決了。

##這類報錯屬于多余或缺少符號

library(ggplot2)

library(datasets)

data(package="datasets")##查看該程序包里含有哪些數(shù)據(jù)集

data(iris)

head(iris)

a-data.frame(iris$Species,iris$Sepal.Width)

mydata-iris

mydata-as.data.frame(t(dat[,as.character(a$Species)])#這里看出少了一個括號。

mydata

##報錯信息如下

Error:unexpectedsymbolin:

"mydataas.data.frame(t(dat[,as.character(a$Species)])

mydata"

##解決辦法

##只需要刪除多余和補充缺少的符號即可

個人建議：如果在輸入有括號的代碼時，可以把鼠標在每個右半邊的括號點一下，rstudio會自帶提醒這一組括號是否完成輸入：當前括號表示是第二個左半邊括號，因此需要在最右邊再補充一個括號。

賦值號報錯

通常用這兩種方式來表示賦值，-或者=。如果我們在去讀時候賦值號使用有誤，也會出現(xiàn)objectmydatanotfound。我用一個例子告訴大家，這里不是因為沒有讀取之前的目標，而是在編輯代碼的過程中可能因為粗心等因素出現(xiàn)代碼的小錯誤。具體情況如下：

##這類屬于未找到目標變量，但是屬于代碼錯誤的問題

library(openxlsx)

mydata-read.xlsx("I:\Rlanguage\R語言鄭師兄代碼\圖一.xlsx",2)

##報錯信息如下

Error:object'mydata'notfound

##仔細一看發(fā)現(xiàn)是賦值時候的符號被隔斷了

##解決方法

-改寫成-即可

報錯如下：

更正展示:

必要的引號與括號

我將這兩個易犯的小錯誤合一起與大家分享。第一，忘記使用必要的引號；第二，在使用函數(shù)名時忘記使用括號。其實，這兩類錯誤可能在之前也有提到一點。但是，這里我單獨將他們拿出來講，考慮到這兩類錯誤新手特別容易犯。但是兩類錯誤也是特別容易解決，只要在寫代碼的時候稍微小心一點就可以啦~圖片下面我用一些具體的例子和大家展示：

##特別是安裝程序包時，必要的引號不能丟

install.packages(ggplot2)

##報錯信息如下

Errorininstall.packages:object'ggplot2'notfound

##解決辦法

##所需安裝的程序包加上引號即可

install.packages("ggplot2")

##使用函數(shù)名時需要加括號，例如

##報錯信息如下

function(...)

##解決辦法，在函數(shù)名后添加括號

help()

##此外，需要強調(diào)并不是所有函數(shù)都可以使用空白括號的

特別提醒：并不是所有函數(shù)名都可以用XXX(）來查詢，有的函數(shù)名的括號內(nèi)必須加入目標變量才可以訪問。這里舉一個簡單的例子：例如head()

第四類：中文注釋亂碼

注釋的信息顯示亂碼，這是新手常遇到的問題。首先，注釋信息在你每次編輯一條代碼之前、中間以及之后都可以進行。其次，你每次編輯完注釋信息保存時都需要選擇一種encoding，也就是編碼方式。在windows系統(tǒng)下，read.csv()和read.table()方法不指定文件格式時，默認讀取的格式為GBK(GB2312)。Rstudio里面有設(shè)置默認文本編碼方式，但是修改前后讀入中文數(shù)據(jù)情況都一樣，encoding為UTF-8或GB2312都相同。然而，在Linux系統(tǒng)下，系統(tǒng)指定中文編碼方式是UTF-8，所以read.csv()和read.table()都要求UTF-8。如下兩個文件，分別是UTF-8格式和GBK格式，首先用read.csv讀取，可以看到不指定編碼方式時，讀取UTF-8格式文件是亂碼。用encoding指定讀取的文件編碼方式為UTF-8后，正常。這樣看起來read.csv()方法讀取UTF-8好像可行？總結(jié)一下，如果大家看不懂上面這一串沒關(guān)系，在保存文件時選用UTF-8的編碼格式，以及在打開一份code時，如果中文亂碼就用UTF-8打開。無論保存還是打開文件都選擇UTF-8格式即可。

如下情況：

將編碼方式更改為UTF-8：

下面是重新以UTF-8格式打開一份代碼：

filereopenwithencodingutf-8ok

第五類：數(shù)據(jù)集或變量長度不同

如下：xandwmusthavethesamelength,這類錯誤也是較為常見的報錯通常為兩個數(shù)據(jù)框的數(shù)據(jù)行與列長度不同。新手在出現(xiàn)這類報錯時，第一反應(yīng)看你在讀取兩個數(shù)據(jù)框時的數(shù)據(jù)行列數(shù)是否滿足長度對等關(guān)系。我們通過下面例子來講解這個報錯需要注意的問題：我們在做一些需要兩個數(shù)據(jù)集的分析時（例如beta分析，即在探究環(huán)境因子與微生物群落的關(guān)系時的一些距離分析，特別需要注意這個行列對等問題，因為代碼只能識別行列對等的矩陣。這里，我們要記住讀取數(shù)據(jù)時的幾個比較重要的函數(shù)，header=T這是個默認的函數(shù)，header=T表示第一行設(shè)為每列的列名，這是默認代碼，如果不需要可以將T改為F。s=1表示第一列設(shè)為每行的行名。有這個代碼，意味著會少一列，注意這個函數(shù)在使用時要保證沒有重復(fù)的名稱。

##x和w長度需要一致，即兩個矩陣的行列長度要對等

library(vegan)

library(grid)

env=read.csv("env(1)(1).csv",header=T,sep=",",s=1)#read.csv讀取csv格式的數(shù)據(jù)

env=data.matrix(env)#將數(shù)據(jù)框轉(zhuǎn)化為矩陣

env[is.na(env)]=0#去掉數(shù)據(jù)為0的值

speciesdata=read.csv("OTU(2).csv",header=T,sep=",")

speciesdata=data.matrix(speciesdata)

speciesdata[is.na(speciesdata)]=0

speciesdata=t(speciesdata)

speciesdata.cca=cca(speciesdata,env)#進行CCA分析

##報錯信息如下

Errorinweighted.mean.d