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文檔簡介

轉錄組分析劉志強歡迎來到本次轉錄組分析PPT課程。本課將介紹NGS流程，差異表達基因分析，常用生物信息學工具以及實戰(zhàn)案例。什么是轉錄組分析？定義研究特定生物在特定生理或環(huán)境因素下基因轉錄特征及相應功能的高通量測定技術。優(yōu)勢快速、精準地檢測同源物種或不同生長階段等基因變遷對生物體的影響，有效開啟生命科學的新篇章。應用從基因水平探究個體之間的差異基礎上，研究不同性狀和類型的生物，如葉綠體結構研究、腫瘤標志物篩選、量子點熒光成像等諸多方面。NGS流程建庫目的：提取DNA，隨機斷裂，加入接頭。測序目的：單端/雙端測序。分析目的：對測序結果進行過濾、比對、注釋、可視化等處理。數(shù)據(jù)預處理1Qualitycontrol進行質控，去除低質量的reads。2Trimming去除接頭、重復序列等，獲得更加準確的reads。3Mapping將去除接頭后的reads比對到參考基因組上。4Normalization處理樣本間的技術變異。差異表達基因分析Microarray依據(jù)已知基因的表達探針，比較兩組RNA的相對水平，定位差異表達的基因。RNA-seq將RNA逆轉錄為cDNA，基于高通量測序的原理，對差異基因進行定量測定分析。生物信息學工具CLCGenomicsWorkbench提供高質量的測序數(shù)據(jù)分析，包括堿基質量控制、去除接頭、去除低質量reads等功能。DAVID功能富集分析工具，可以發(fā)掘轉錄本對應蛋白質的活性，找出分子通路和發(fā)揮作用的基因。Cufflinks將RNA-seqreads比對到參考基因組上，來確定轉錄物的表達量以及剪接等。實戰(zhàn)案例講解1研究目的探究不同物種間基因表達譜差異，研究三葉草逆境生理。2樣本處理與篩選將受逆境和正常處理的樣本分別測序，去除低質量和含有芯片污染的reads。3分析結果在大量生物學信息學工具的協(xié)調(diào)幫助下，鑒定了一批重要的逆境反應基因和分子標志物?？偨Y轉錄組分析是一種研究組織或細胞基因轉錄特征的技術。本課程介紹了NGS流程、數(shù)據(jù)預處理、差異表達基因分析、

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