《基因組學(xué)》第05章 基因組序列注釋

第5章基因組序列詮釋1)基因注釋2)基因功能預(yù)測3)基因功能檢測4)功能基因組研究基因注釋的依據(jù)1)基因的組成特點(diǎn)2)密碼子偏愛3)同源查詢4)實(shí)驗(yàn)

真核生物基因的一般結(jié)構(gòu)真核生物基因的組成特征1)外顯子的組成2)內(nèi)含子的組成3)堿基的分布規(guī)律內(nèi)含子的組成特點(diǎn)1)內(nèi)含子具有前體mRNA加工的特征順序.2)內(nèi)含子含有高比例的三種讀框的終止密碼.內(nèi)含子含有高比例的三種讀框的終止密碼內(nèi)含子三種讀框中終止密碼比率遠(yuǎn)高于外顯子(18%＞10%).

外顯子的組成特點(diǎn)1)CpG島:脊椎動物

2)搖擺密碼子的使用頻率或密碼子偏愛

3)5’-和3’-非翻譯區(qū)(UTR)堿基比率,水稻基因5’的高GC比

4)不含或含有較少的終止密碼

密碼子偏愛

同源查詢（DNA順序）1CCCCCGGTTGCTGACTTGCCGCGGGAAGGAGGATGAGCAGGCGGTGGAGCCGGACGATCT1802CCCCCGGTTGCTGACTTGCCGCGGGAAGGAGGATGAGCAGGCGGTGGAGCCGGACGATCT1151ACGTGGGGAATCTCCCTGGTGACATCAGGGAGAGGGAGGTGGAGGATCTCTTCTACAAGT2402ACGTGGGGAATCTCCCTGGTGACATCAGGGAGAGGGAGGTGGAGGATCTCTTCTACAAGT175

同源查詢（氨基酸順序）從功能的意義看,氨基酸的同源性比DNA更加重要.

同源性,一致性和相似性的定義1)同源(homological)基因系指起源于同一祖先但順序已經(jīng)發(fā)生變異的基因成員,分布在不同物種間的同源基因又稱直系基因.同一物種的同源基因則稱水平基因,水平基因由重復(fù)后趨異產(chǎn)生.2)基因同源性只有“是”和“非”的區(qū)別,無所謂百分比.3)一致性(identity)系指同源DNA順序的同一堿基位置的相同的堿基成員,或者蛋白質(zhì)的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成員,可用百分比表示.4)相似性(similarity)系指同源蛋白質(zhì)的氨基酸順序中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例.可取代氨基酸系指具有相同性質(zhì)如極性氨基酸或非極性氨基酸的成員,它們之間的代換不影響蛋白質(zhì)(或酶)的生物學(xué)功能.相似性與一致性249MFN-MAIPFGAGAYAQALNQQQAALMASVAQGG232ILTSLTLPFSAGAYAQALNQQQTTV

IS--TS

GS注:紅色為一致性氨基酸,藍(lán)色為可取代氨基酸,白色為趨異氨基酸.

一致性氨基酸百分比為紅色氨基酸所占的比例.

相似性氨基酸百分比為紅色和藍(lán)色氨基酸相加所占的比例.基因注釋的方法1.目前基因注釋的方法主要依賴于生物信息學(xué)方面的分析結(jié)論,它們包括以下自動注釋內(nèi)容:1)abinition軟件的預(yù)測,依據(jù)基因結(jié)構(gòu)的特點(diǎn).2)同源性比較

3)基序(motif)或功能域(domain)分析預(yù)測基因功能.2.基因功能的分類主要采用ONTOLOGY標(biāo)準(zhǔn).3.人工注釋系指人為檢測評價自動注釋的結(jié)果并根據(jù)其它數(shù)據(jù)進(jìn)行分析與校正.4.實(shí)驗(yàn)注釋系根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行注釋.5.基因功能注釋與調(diào)控順序注釋仍處于起始階段.

現(xiàn)有基因注釋軟件的特點(diǎn)1)目前基因注釋程序的編寫主要依據(jù)兩種信息內(nèi)涵:

1.signalterms(信號指令),如起始密碼,終止密碼,終止信號,剪接受體位與供體位順序,多聚嘧啶順序,分支點(diǎn)等保守的順序組成;2.contentterms(內(nèi)容指令),如密碼子使用偏好.

對結(jié)構(gòu)緊湊的小基因組上述注釋軟件效果不錯,但對大基因組特別是超長基因的注釋有很大困難.在一個長度數(shù)十或數(shù)百kb的內(nèi)含子中,存在許多可能誤判的信號指令.2)常用的注釋軟如GenScan主要偏重于內(nèi)容指令,而FgeneSH則著重于信號指令.由于每種生物都有種屬專一性的密碼子偏好,也存在某些非保守的信號指令,因此在超長基因注釋中常出現(xiàn)正向錯誤(false-positive,多注釋)或負(fù)向錯誤(false-negetive,少注釋).

引自:NatureReviews/Genetics,4:741-749,2003.基因自動注釋軟件的問題1)基因注釋一般包括如下內(nèi)容:基因組DNA順序中確切的轉(zhuǎn)錄為mRNA的順序;外顯子和內(nèi)含子的位置;基因編碼的蛋白質(zhì)順序.2)在目前即使已有很好研究基礎(chǔ)的生物中,最好的計(jì)算機(jī)基因注釋程序?qū)γ總€外顯子注釋的準(zhǔn)確率也只能達(dá)到80%.如果一個基因有5個外顯子,整個基因注釋的準(zhǔn)確率為0.85=33%.3)基因注釋的軟件通常容易犯誤拼和誤拆的錯誤,即將兩個基因歸在一個,或者反過來.4)容易遺漏很小的外顯子,特別是保守性不強(qiáng)的基因.5)容易忽略小基因.6)無法預(yù)測mRNA中5’-和3-’非翻譯區(qū)(UTR),即很難確定轉(zhuǎn)錄起點(diǎn)與終點(diǎn).不同注釋軟件比較1)目前基因組注釋的軟件絕大多數(shù)都是根據(jù)已有基因結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)編寫的,具有很多的經(jīng)驗(yàn)成分.2)由于各家采用的注釋軟件不同,注釋結(jié)果有很大的差別,如人類基因組測序計(jì)劃(HGP)注釋的基因與Celara公司注釋的基因僅2/3一致.不同注釋軟件之間的效率Performanceofthreepopulargenepredictionprogramson42semiartificialgenomicsequencescontaining178knownhumangenesequences(900exons).Sensitivity(敏感性)ispercentageofexonsthatarepredictedcorrectly.Specificity(專一性)ispercentageofpredictedexonsthatarecorrect.ReproducedwithchangesfromYadaetal.,2002ColdSpringHarborGenomeSequencingandBiologyMeeting,May7-11,2002.FGENESHisbyfarthemostaccurateofthreeprograms.效率與準(zhǔn)確率比較------------------------------------------------------------------------------------------programsensitivityspecificitymissedexon(%)wrongexon(%)------------------------------------------------------------------------------------------FGENESH77.165.79.623.2GenScan66.544.912.040.9HMMGene69.536.615.555.5------------------------------------------------------------------------------------------引自:/berry.phtml

基因的命名規(guī)則迄今為止國際上還沒有一個普遍公認(rèn)的適合所有生物種屬的基因命名規(guī)則.由于歷史,習(xí)慣以及其它各種原因,基因命名中常常存在許多同名歧義,或者同義歧名的現(xiàn)象.許多基因在生物的不同發(fā)育階段具有不同的功能,這一點(diǎn)也給準(zhǔn)確的基因命名造成了實(shí)際困難.很多科學(xué)家都希望基因的命名標(biāo)準(zhǔn)化，曾經(jīng)在1997年和1999年舉行了兩次有關(guān)基因命名的研討會，但因研究領(lǐng)域的不同以及基因命名本身存在的復(fù)雜問題,無法達(dá)成一個統(tǒng)一的意見。目前不同生物種屬的基因命名規(guī)則仍由各相關(guān)領(lǐng)域的專家討論分別制定,然后推薦給研究者選擇采用.人類基因的命名規(guī)則(1)1)人類基因命名委員會（HumanGeneNomenclatureCommittee，HGNC）

給基因下的定義是，控制某一表型和某種生物學(xué)功能的DNA片段。當(dāng)一

個基因缺少可識別的功能特征時，可以通過一段DNA順序，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物或

者同源基因來表述。2)一段DNA順序或基因組中某一位點(diǎn)是否具備可以指定基因符號的條件，可以參照下述例子執(zhí)行：

1.具有孟得爾單基因性狀的遺傳特征并有確定表型的位點(diǎn)，如

BBS1,Bardet-Biedisyndrome1(Bardet-Biedl綜合癥1)。

2.和一個已知的標(biāo)記連鎖或相關(guān)，參于一個復(fù)雜性狀的形成但未鑒定的基因，如IDDM6，insulin-dependentdiabetesmellitus6(依賴胰島素的糖尿病mellitus6).3.具有足夠的結(jié)構(gòu)、功能和表達(dá)的數(shù)據(jù)證明克隆的DNA片段是一個完整的基因，如COX8，cytochromecoxidasesubunitVIII(細(xì)胞色素氧化酶亞基8)。

4.某個基因的無功能的拷貝，即假基因，如IL9RP1，

interleukin9receptorpseudogene1(細(xì)胞間質(zhì)素9受體假基因1)。

人類基因的命名規(guī)則(2)5)和已知基因重疊并由反義鏈編碼的基因，如IGF2AS，insulin-likegrowthfactor2,antisense(類胰島素生長因子2反義基因)。

6)可轉(zhuǎn)錄但不翻譯卻具功能的DNA片段，如XIST，X(inactive)-specifictranscript(X染色體專一性失活轉(zhuǎn)錄物)。

7)細(xì)胞學(xué)表型推測存在某個或某些與此相關(guān)的基因，LOH18CR1

，lossofheterozygosity,18,chromosomalregion1(異質(zhì)雜合性18染色體區(qū)域1)。

8)由EST簇集判斷存在一個可能的基因，如C1orf1

，chromosome1openreadingframe1(染色體1開放讀框)。

9)由GDB(theGenomeDatabase)指定編號的表達(dá)順序片段，如DXYS155E。

10)由順反子產(chǎn)生的可以和其它編碼順序機(jī)械分開，不發(fā)生重疊，具有獨(dú)立基因產(chǎn)物的mRNA，如SNURF

，SNRPNupstreamreadingframe(SNRPN上游讀框)。

人類基因的命名規(guī)則(2)11)

功能未知但有很高順序相似性的基因，如FAM7A1，familywithsequencesimilarity7,memberA1(具順序相似性7家族，成員A1)。

12)與特征明確的基因具有同源性但由機(jī)算機(jī)預(yù)測的基因，如

TCP10L，t-complex10(mouse)-like(類（老鼠）t-復(fù)合物10)。

13)位于同一條DNA上的某一基因內(nèi)含子中的轉(zhuǎn)錄物可以用分開的但同所在基因有關(guān)的符號表示，如COPG2IT1，coatomerproteincomplex,subunitgamma2,intronictranscript1(Coatomer蛋白復(fù)合物，亞基2，內(nèi)含子，轉(zhuǎn)錄物1)。

Coatomer:外被體,即無網(wǎng)格蛋白小泡的蛋白質(zhì)復(fù)合體.基因注釋標(biāo)準(zhǔn)—人類Knowngene:

與人類已知cDNA和蛋白質(zhì)順序同源的基因.Novelgene:

與脊椎動物cDNA或其它物種蛋白質(zhì)同源的基因.Noveltranscripts:

與novel基因相似,但缺少明確的ORF.Putativegene:

有同源EST支持,但缺少cDNA或ORF.(假

定基因)Predictedgene:

數(shù)據(jù)庫中至少有一個外顯子支持,但缺少cDNA或明確的ORF.(預(yù)測基因)Pseudogene(假基因):與已知蛋白質(zhì)有50%的同源性,但

cDNA殘缺,在其它位點(diǎn)存在正常的同源基因的順序.

引自:Nature414:865-871,2001(人類22號染色體注釋)水稻注釋基因類群的劃分標(biāo)準(zhǔn)Homology(同源的):

與某一蛋白質(zhì)氨基酸順序完全一致或相當(dāng)一致的基因,有兩種水平:一致的命名(samename);可能的(putativeprotein)或類似的(-likeprotein)命名.Unknown(未知的):具有全長cDNA或EST(覆蓋幾乎整個基因范圍)支持但沒有任何同源蛋白質(zhì)記錄的基因.hypothetical(假定的):由一個或幾個注釋軟件認(rèn)可的蛋白質(zhì),但缺少cDNA或EST支持的基因.借助全長cDNA和拼接cDNA人工注釋全長cDNA是注釋基因的依據(jù)1.人類全長cDNA計(jì)劃:30953,FLJ-DB(日本)2.果蠅全長cDNA:5,849(BerkeleyDrosophilaGenomeProject)

3.線蟲全長cDNA:19000(TheWellcomeTrustSangerInstitute)4.老鼠全長cDNA:60770(nature420:563,2002)5.水稻全長cDNA:28000(日本)6.擬南芥全長cDNA:14681(日本)人類基因總數(shù)可能是永遠(yuǎn)解不開的迷?1.人類基因總數(shù)的預(yù)測有三種方法:cDNA和ESTs順序,

機(jī)算機(jī)注釋,比較基因組學(xué)(保守的ORF).2.已報道的人類基因總數(shù)的版本:1)Celara:27894HGR:29304(Esemble)(2000)

Celara與HGR的注釋基因有7000個不同,相同的為20000

左右,加上不同的注釋約34000個.2)Esemble注釋:24847(2003年)EnsemblisajointprojectbetweenEMBL-EBIandtheSangerInstitutetodevelopasoftwaresystemwhichproducesandmaintainsautomaticannotationoneukaryoticgenomes.3)EBI(EuropeanBioinformaticsInstitute):27462(2003,nature423:576)4)Genscan:

65452

許多人傾向于不可能知道人類基因組精確的基因數(shù).幾種模式生物注釋的基因總數(shù)大腸桿菌(E.coli):4800酵母(yeast):6200線蟲(nematode):19000果蠅(fly):13600擬南芥(Arabidopsis):25000水稻(rice):60000玉米(maize):59000(估計(jì)數(shù))老鼠(mouse):30000功能域注釋1)任何基因編碼的蛋白質(zhì)都由一些在高級結(jié)構(gòu)水平具有特征性的功能域組成,如信號肽,

受體區(qū),激酶區(qū),DNA或RNA結(jié)合域等.2)功能域具有很強(qiáng)的保守性,關(guān)鍵的氨基酸組成及其排列位置是相當(dāng)保守的,是鑒定功能域的主要標(biāo)識.3)功能域是目前確定基因功能的主要依據(jù)之一.4)已由許多專門的功能域注釋軟件,可用于基因組順序的注釋.什么是功能域(domain)?定義:1)Regionofaproteinwithadistincttertiarystructure(e.g,globularorrodlike)andcharacterristicactivity;homolgousdomainsmayoccurindifferentprotein.(引自“MolecularCellBiology”)2)Adiscretecontinuouspartoftheaminoacidsequenceofaproteinthatcanbeequatedwithaparticularfuction.(引自“GeneVII”)3)Portionofaproteinthathasatertiarystructureofitsown.Inlargerproteinseachdomainisconnectedtootherdomainbyshortflexibleregionsofpolypeptide.(引自“MolecularBiologyofTheCell”)

同源功能域注釋

RRM結(jié)合域信號傳導(dǎo)蛋白激酶結(jié)構(gòu)域比較GENEONTOLOGY—基因分類大全1)概念:termontologytomeanaspecificationofaconceptualization.Thatis,anontologyisadescription(likeaformalspecificationofaprogram)oftheconceptsandrelationshipsthatcanexistforanagentoracommunityofagents.Thisdefinitionisconsistentwiththeusageofontologyasset-of-concept-definitions,butmoregeneral.Anditiscertainlyadifferentsenseofthewordthanitsuseinphilosophy.2)GENEONYOLOGY(GO):ThegoaloftheGeneOntologyTM(GO)Consortiumistoproduceacontrolledvocabularythatcanbeappliedtoallorganismsevenasknowledgeofgeneandproteinrolesincellsisaccumulatingandchanging.GOprovidesthreestructurednetworksofdefinedtermstodescribegeneproductattributes.GOisoneofthecontrolledvocabulariesoftheOpenBiologicalOntologies.三大基因功能定義的聯(lián)系注釋基因分類過程基因結(jié)構(gòu)與功能---

實(shí)驗(yàn)分析1.基因剔除2.插入突變庫3.SAGE4.抑制差減雜交2007年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎

基因打靶---genetargeting

卡佩基1937年出生在意大利，后獲得美國國籍。卡佩基1967年獲美國哈佛大學(xué)生物物理學(xué)博士學(xué)位，他除了在霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所工作外，還擔(dān)任猶他大學(xué)人類遺傳學(xué)和生物學(xué)教授?？ㄅ寤蛟凇盎虬邢颉奔夹g(shù)的研究上做出了開創(chuàng)性工作而成名。史密斯1925年出生在英國，后獲得美國國籍。史密斯1951年獲得牛津大學(xué)生物化學(xué)博士學(xué)位，現(xiàn)在美國北卡羅來納大學(xué)工作。他一開始主要進(jìn)行胰島素的研究工作，后轉(zhuǎn)入分子生物學(xué)領(lǐng)域。在差不多60歲時，他開發(fā)出了可關(guān)閉活體內(nèi)特定基因的技術(shù)。史密斯和卡佩基幾乎同時對“基因靶向”技術(shù)做出了奠基性貢獻(xiàn)，這一技術(shù)使得科學(xué)家能培育出擁有特定變異基因的小鼠。埃文斯1941年出生在英國，1963年從劍橋大學(xué)畢業(yè)后，進(jìn)入倫敦大學(xué)學(xué)院學(xué)習(xí)，獲得解剖學(xué)和胚胎學(xué)博士學(xué)位。1978年，他返回劍橋大學(xué)工作。3年后，他和同事從小鼠胚胎中第一次成功分離出未分化的胚胎干細(xì)胞。這為“基因靶向”技術(shù)提供了施展本領(lǐng)的空間。如今，埃文斯在英國加的夫大學(xué)擔(dān)任哺乳動物遺傳學(xué)教授。

基因剔

除

老

鼠

(1)

外源基因表達(dá)載體導(dǎo)入

細(xì)胞后的命運(yùn)1)同源重組,定點(diǎn)整合.2)隨機(jī)插入.3)未整合,丟失.如何識別與篩選轉(zhuǎn)化處理不同結(jié)局的胚胎干細(xì)胞?轉(zhuǎn)基因剔除胚胎干細(xì)胞的篩選正負(fù)選擇法

轉(zhuǎn)染DNA與內(nèi)源基因組DNA之間的同源重組事件，是由轉(zhuǎn)染DNA的自由末端激發(fā)的。發(fā)生在哺乳動物細(xì)胞中的同源重組頻率相當(dāng)?shù)?。由于這種緣故，給哺乳動物細(xì)胞的基因打靶事件的檢測造成了很大的困難。為了克服這種困難，已經(jīng)發(fā)展出了一種用于富集基因打靶事件或說是同源重組事件的特殊的試驗(yàn)體系，它涉及到正選擇和負(fù)選擇兩個重要內(nèi)容，所以特稱為正負(fù)選擇(postive-negativeselection)法。為此需在基因打靶載體中克隆上兩個選擇標(biāo)記基因。其中neo基因叫做正選擇標(biāo)記基因，它編碼的新霉素磷酸轉(zhuǎn)移酸可抑制抗菌素G418的活性。因此，獲得了neo基因的轉(zhuǎn)化細(xì)胞，能夠在含有G418抗菌素的選擇培養(yǎng)基中生長、存活。HSV-tk基因叫做負(fù)選擇標(biāo)記基因，它編碼的單純瘧疾病毒胸苷激酶可以把核苷類似物GCV(聯(lián)合丙氧鳥苷)磷酸化,三磷酸化的GCV可通過抑制DNA合成酶活性或摻入DNA鏈中中止鏈的延長,從而造成細(xì)胞中毒死亡。因此，選擇培養(yǎng)基中的GCV能夠持異性地殺死表達(dá)HSV-tk基因的轉(zhuǎn)化細(xì)胞。

基因剔

除

老

鼠

操作流程

突變庫構(gòu)建1)利用天然的DNA轉(zhuǎn)座子構(gòu)建表達(dá)載體轉(zhuǎn)化受體細(xì)胞,當(dāng)轉(zhuǎn)座子活化時可被動轉(zhuǎn)座并隨機(jī)插入受體細(xì)胞基因組引起基因突變.2)將轉(zhuǎn)化的發(fā)生轉(zhuǎn)座事件的細(xì)胞系再生獲得可遺傳的轉(zhuǎn)化子后代,觀測突變再生植株的表型變化,分離與克隆插入突變基因的結(jié)構(gòu)與功能.3)采用轉(zhuǎn)座子突變技術(shù)可重復(fù)地大規(guī)模誘導(dǎo)和篩選插入突變株系,進(jìn)行全基因組范圍的基因功能研究.植物DNA轉(zhuǎn)座子突變庫表達(dá)載體

突變庫表達(dá)載體元件的功能1)Ac-載體:轉(zhuǎn)座酶表達(dá)載體,由于缺少兩側(cè)反向重復(fù)邊界順序,不能主動轉(zhuǎn)座.2)DsE-載體:捕獲增強(qiáng)子表達(dá)載體.

在報告基因gus和kamR融合基因的5‘端僅含--TATA盒--,但缺少啟動子.在---TATA-gus-kam-兩側(cè)含轉(zhuǎn)座子Ac-Ds的邊界順序,在轉(zhuǎn)座酶作用下可被動轉(zhuǎn)座,插入到啟動子下游.3)DsG-載體:外顯子捕獲表達(dá)載體.I:intron,內(nèi)含子近3‘-端順序.A:前體mRNA剪接3’-端受體位點(diǎn)順序,含有3種剪接受體順序,保證gus和kam基因的正確讀框.4)IAAH:吲哚乙酸水解酶,可以分解底物NAM釋放IAA,導(dǎo)致愈傷組織過度生長,表明存在IAAH基因.在無轉(zhuǎn)座事件發(fā)生時,因IAAH基因與gus和kam基因連鎖,表現(xiàn)為共分離.如發(fā)生轉(zhuǎn)座事件,IAAH基因與gus和kam基因的連鎖破壞,子代可發(fā)生分離.增強(qiáng)子捕獲圖解Ac-Ds突變體庫技術(shù)存在的問題1)程序復(fù)雜,需構(gòu)建多套轉(zhuǎn)化載體系統(tǒng)和轉(zhuǎn)化株系.2)必需經(jīng)過組織培養(yǎng)和細(xì)胞再生,容易激活內(nèi)源轉(zhuǎn)座子,產(chǎn)生干擾的非目標(biāo)的轉(zhuǎn)座事件.3)因植物基因組,特別是谷類作物均有高比例的重復(fù)冗余基因,可掩蓋插入突變的效應(yīng).4)插入突變絕大多數(shù)為隱性突變,需在純合條件下才可發(fā)現(xiàn)突變表型,周期較長.5)因插入位點(diǎn)的位置效應(yīng),易造成轉(zhuǎn)基因沉默.cDNA標(biāo)

簽

順

序

的

分

離

策

略PCR引物-BamHI-MmeI-C:為合成的寡聚核苷酸序列.-C?全長cDNA5’SAGE庫構(gòu)建(1)注:A群體和B群體的PCR引物不同.全長cDNA5’

SAGE庫構(gòu)建

(2)全長cDNA5’SAGE庫構(gòu)建程序

要弄清的問題1)Poly(T)后為何接上NotI酶切順序?2)為何要分兩個相同的全長cDNA群體?3)為何要在兩個全長cDNA群體的5’-端接上兩個不同的引物?4)5‘--BamHI-MmeI-cDNA—3’中,BamHI的作用是什么?MmeI的作用是什么?5)為何要:5‘---引物-BamHI-MmeI-cDNA—3’

這種排列?6)如何判斷每個標(biāo)簽順序的轉(zhuǎn)錄方向?cDNA

3’

SAGE庫構(gòu)建

(1)GsuI接頭:--(T)16CTCCATcDNA3’

SAGE庫構(gòu)建

(2)全長cDNA5’/3’SAGE的應(yīng)用

1)從全長轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物抽取的5’和3’端20nt的順序

(A),將5’和3’端20nt多連體連接到克隆載體并進(jìn)行測序.3)根據(jù)SAGE庫測序可進(jìn)行統(tǒng)計(jì),給出每個基因的表達(dá)豐度.同時可以根據(jù)基因組順序比對將全長cDNA的5’和3’

端順序錨定到基因組物理圖上,以確定基因轉(zhuǎn)引自:PNAS101:11701-11706,2004

錄區(qū)的真實(shí)邊界.G

I

S的操作程序注:1)接Biotin連接磁珠;2)