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-一、 PDB數(shù)據(jù)庫中查找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)1./pdb/home/home.do輸入內(nèi)容:比如2DC32. 查找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),在檢索框輸入關(guān)鍵字或名稱。二. 在線觀看三維數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 4. 選擇 3D view,可視化蛋白三維結(jié)構(gòu)視圖呈現(xiàn)。由于是遠(yuǎn)程計算機服務(wù)器進行圖型構(gòu)建,且數(shù)據(jù)量較大,需要較長的時間才能在窗口顯示。5.蛋白結(jié)構(gòu)顯示的參數(shù)設(shè)定:自定義設(shè)定腳本選項:二、 下載三維數(shù)據(jù)文件1. 在查詢結(jié)果窗口的右邊找到以下圖型。如圖:選擇Download Files。2確定下載的文件類型,一般根據(jù)你要使用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)而定。選擇PDB File(Text).3. 用寫字板打開PDB文件,可以看到蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫文件實質(zhì)也是文本文件。4. 下載Pymol,并安裝。點DOWNLOAD進入下載,選擇windows版本,并安裝(需要pay money)?;虻酱司W(wǎng)站下載:/gohlke/pythonlibs/#pymol選擇win32,版本。并安裝,需要python編程軟件的支持,可從360軟件管件直接安裝。安裝如圖:使用詳情參見教程,注意打開程序需要找到 python的安裝目錄:C:Python27PyMOL,找到PyMOL.exe文件,雙擊啟動程序。打開2DC3.pdb
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